同时多尔衮也对驻守南阳的耿仲明、石廷明以及寄以厚望的吴三桂的行为都十分不满。当然最初在南阳弄成耿仲明、石廷明并立驻守的决定，是怎样做出的，却被多尔衮无视了。

因此在接到了南阳失守的消息之后，多尔衮终于在大帐里大发雷霆之怒，等把大帐里所有的东西都大砸了一通之后，多尔衮这时才发现，原来帐蓬里只有自己一个人，其他侍候的包衣全都躲到帐外去了，不觉又火冒三丈，大喝道：“人呢？人呢？都死到那里去了。”

听到了多尔衮的呼喊声，几个人在外面也不敢躲了，只好一个个战战兢兢的进了大帐，低着头，根本就不敢和多尔衮对祀。

但这样也逃不过去，一见他们进来，多尔衮立刻将还没有发泄完的怒火全部都发泄到这几个包衣身上，几步赶上去，道：“死奴才，躲到那里去了，叫我好找。”

说着抬起一腿，向其中一人小腹狠狠的踢了过去，那人立刻惨叫了一声，捂着肚子，痛得满地打滚，而多尔衮又对着其他几人，一阵拳打脚踢，只打得这几个人惨叫不止。

但发火归发火，局势到了这一步，也还是要去面对，因此多尔衮大发了一通之后，也终于冷静了下来，开始思考下一步的对策。

首先有一点是肯定的，那就是必须向南方增派兵力，否则一但中华军全线出击，攻占了河南之地，大清恐怕就真的要完了。因此无论如何，也不能让中华军占领河南。但这时清廷除了在北京周围之外，确实没有多少闲置的兵力可派了，就是在北京周边，最多也只能抽调出五六万人马来，但这样的兵劣，投入到中原战场，实在是杯水车薪，无济于事，只能从北方平乱的人马中抽调兵力。

好在是在北方清军的平乱战争进行还不错，首先是在甘肃，尼堪和韩岱率领清军于四月一十二日攻克了洮州。在一十四日，汇同甘肃总兵张勇、副将马宁等满、汉兵会集兰州，大举攻城；双方大战三次，义军战败，米喇印、丁国栋率败残人马向西逃窜，兰州失守。

尼堪和韩岱率清军乘胜追击，五月七日追及于水泉，米喇印纠集数万回兵迎战清军，尼堪亲率三千精锐八旗铁骑，冲击回兵阵脚，将回兵杀得大败，米喇印当场阵亡。而余众在丁国栋、黑承印等人向率领下退往甘州、肃州。

五月二十日，尼堪和韩岱汇同张勇、马宁等包围甘州，以火炮炸开城门，攻入城中，甘州逐告被攻破，丁国栋、黑承印等人都被擒杀。随后清军大举屠城，连屠甘、肃二州，死难者计五万余，而震惊关陇的回、汉两族联合发动的反清起义也遂告失败。

而这时尼堪、韩岱汇集当地的甘肃清军，共计有约六万余人，多尔衮也立刻下令，命尼堪、韩岱两人率军火速赶到河南来助战。但甘肃离河南远隔数千里，等多尔衮的命令传到甘肃，尼堪和韩岱部的人马赶到河南来，至少也要两个月左右的时间。

在陕西战场上，付责平定陕西叛乱的英亲王阿济格，汉军正红旗固山额真李国翰。三月二十三日，阿济格，李国翰和汉羌总兵张天福、兴安镇游击盛嘉定笃各路兵马赶到咸阳，汇同清陕西巡抚黄尔性、以驻防西安满军首领吏部侍郎哈哈木等人会商进剿事宜。

最后决定兵分三路，由李国翰率军走黄龙山，一由张天福率军走澄城县，由哈哈木率军走同官县，预定在洛州、鄜州地区截剿陕西的起义军。而阿济格坐镇宜君县，为三路接应谁知起义军在王永强的率领下，兵进十分迅速，从廷安府率军南下，三月三十日到达蒲城，反而绕到清军的背后，除派出部分兵马入城防守外，王永强率领起义军的主力人马继续西进，企图攻取西安，以西安的城防，以拒守清军。

这时其他各路人马都到达各自的位置，阿济格也己经到达了宜君县，得到消息之后，阿济格赶忙连夜赶回富平县，又急令其他三路人马，立刻赶回来迎战起义军。四月十日，阿济格亲率五千人马在流曲镇以北的美原拦住了起义年。王永强见清军的兵力不多，立刻指挥人马向清军发动进攻。

但清军的人马虽然不多，却都是八旗精锐，因此起义军与清军激战了一天，仍然无法突破清军的防线，而这时另外三路人马也赶到了战场，起义军被清军杀得大败，当场阵亡三万余众，王永强、王永镇等人也都战死，随后清军乘胜移攻蒲城，城中居民固守，到四月十五日被清军攻破，城破之后，清军进行了屠城，杀死城中百姓万余人。

而这时同王永强一道起兵的神木昙人高友才部在王永强南下时，仍据守着廷安府北府谷县。阿济格在消灭了王永强部之后，又领兵北上，在六月包围了府谷，但高友才率领府谷县的军民，居城而守，清军连续进攻了一个月，也没有攻下府谷县，双方正在僵持中。