当然到了这个时侯，蒙古八旗也必须派上用场，因此多尔衮也决定，将蒙古八旗扩充到一百八十七个牛录，使蒙古八旗的兵力达到五万左右，加上蒙古其他各盟旗，使蒙古总兵力达到八万左右，也极大的扩充了清廷的兵力来源。

而在汉军的编制，多尔衮也决定，除了汉军八旗恢复建制，并扩充到二百零八个牛录，使汉军旗总兵力超过六万。同时将非八旗的汉军，从中选出精锐，统统编成绿营，并且扩大绿营的兵力，使绿营的总兵力，达到三十万左右。也成为扩编最大的清廷编制。

绿营的兵制分标、协、营、汛四种﹐总督、巡抚、提督、总兵所属的绿营只称为标﹐副将所属称为协﹐参将、游击、都司、守备所属称营﹐营以下又分为若干汛。每汛设千总、把总等官职。每标、协管辖一至五个营不等；每营的人数少则二三百人﹐多则六七百人。

绿营补充的兵力来源，首选是关外的辽东汉人，正好现在辽东遭到商家军的破坏，造成了大批无家可归的难民，也为清廷扩制绿营，提供了足够的兵源。其选山西、北直隶、河北一带的北方汉族人。

因为在南征的后期，和湖北战役中，清军都出现了大规模向商毅投降的情况，这也让多尔衮对明朝的降兵降将，由其是南方的降众非常不放心。而相对来说，北方的汉族人要比南方的可靠一些。而且现在商毅的势力己经扩大到中原复地，因此河南、山东、陕西这三个省的汉人都不考虑。同时一但被选入绿营之后，家属全部都接到北京地区来安居，这样也有利于对这士兵的管理。

最后才是各省的地方驻军，约有二三十万左右，其本都是绿营选拔淘汱下来的士兵，以及各地当地的乡兵、民兵等，只是做驻守地方，维护治安所用，在正式战场上，只是当作辅足兵力。

这样一来，清廷的总兵力将达到八十到九十万左右，几近百万，其主力兵力将达到六十万，分别为满蒙汉八旗军三十万，绿营军三十万。从人数上说，是足够了。

军队的建制就这样制定下来，多尔衮又下令各八旗、营制部队，都要开始进行严格的训练，同时从满旗各旗抽调出一千五百人，蒙汉各旗各抽一千人，八旗各营抽出二万人，绿营抽出一万五千人，加上洪承畴招筹的八千士兵总计兵力为七万一千人，开始进行以使用火器为主的新式训练。这也是清廷未来的希望所右。

当然各营都有各营的统军将领，而且也不是驻扎在一起，洪承畴和他招降的商家军只是担任教官，分派到各地去付责督促各营旗部队的训练，而直属于洪承畴管辖的部队，还是只有先前的八千人。毕竟多尔衮是不可能把这么一支重要的军队，全部教给洪承畴一个人来管理。

同时多尔衮又下令，在北京正式成立神机司和火药司两个部门，并清廷各地征集铁匠、木匠，火药工匠，并种各地收集铁矿石，全力制造火炮、火铳等武器，配制火药，保证新军训练使用的供应。

而商家军突袭辽东，也给清廷敲响了一下警钟，以后来自海上的危胁，也不能不防，因此多尔衮又决定，除了在沿海要加强守备之外，还要建立一支大清的水军，于是又在辽东沿海的地区招募水手，建造船只。

不过在建立水军方面，清廷可以说是一点经验也没有，因此多尔衮也十分头疼，好在是现在在北京软禁的郑芝龙是这方面的专材，于是多尔衮也下令，封郑芝龙为津门水师提督，付责造船，练水军事务。不过郑芝龙是被清廷连蒙带骗加要挟，其实是给挟持到北京来，清廷也不敢对他完全信任，名议上是水师提督，实际上也就是一个顾问，什么实权都没有，而且走到那里都有人监视着。

郑芝龙心里也明白，因此也只好继续隐忍，等待时机。但清廷的水军就在磕磕绊绊中，开始组建起来。

在练兵的同时，多尔衮到也没有忘了恢复农业生产，因为清廷的财政己经到了快来崩溃的边缘，而且打仗本来就是国力的比拼，没有足够的粮食，清廷也无法与商毅斗下去。

洪承畴虽然是屯田大使，但实际的任务是练兵，因此需要重新选一个人来全面付责全国的屯田事务。多尔衮迭择的是范文程。