而这时济尔哈朗心里也十分郁闷，虽然南下的时候，也有失败的心里准备，但却没想到会是这样一个失败法，因为自己有数年没有掌军出征，似乎打仗的模式完全变了一个样，以前的那一套己经完全不管用了，到底是自己不明白，还是这世界变化太快，因此济尔哈朗也生出几分自己己经老了，完全被时代甩开的感觉。同时也十分后悔，这一次不该强自出头，和多尓衮来争权夺利，自己虽然不及代善年老，但也是一大把年纪的人了，怎么老了老了，反到是不安份起来了呢？还要出头露面，劳心费力，学学人家代善，什么事不管，躲在家里享服该多好。
听了勒克德浑和尚善的建议之后，济尔哈朗也立刻听从，第二天清军就从樊城撤军，退守到南阳，而商家军也趁势占领樊城，然后挥兵沿汉水西进，相继又占领了谷城、光化、匀州等地，全面占领了襄阳府。这时整个湖北地区，只剩下一个勋阳府了。
虽然说最后一个勋阳府还不是手到擒来了，但毕竟还没有到手里，因此李定国也考虑着派谁去取勋阳府，就在这时，从勋阳府的派来了两位文士，一个叫张文钊，一个叫刘原引，自称是代表勋阳地方乡绅，求见李定国，向商家军请降。并请商家军立刻赶去接手勋阳府。
原来清军放弃了樊城之后，济尔哈朗也估计勋阳府同样守不住，因此干脆也把勋阳府的守军全部撤到河南、陕北地区，因此郧阳府也成了一块三不管的地区。而勋阳府的地方乡绅们聚集一起商议之后，认为现在清军大势己去，商家军风头正劲，而且又素有仁义之师的名声，因此不如主动向商家军请降，让商家军来统治勋阳府，也好过清军。
这一建议也得到了所有地方乡绅的一致赞同，当然商家军现在还是不是明朝的军队，并没有人在乎。于是众乡绅也推举出两名代表，张文钊和刘原引，这两个人原来都是明朝的官员，一个是勋阳府的推官、另一个是孔目，都是不入流的小官，一向都是随大流，李自成打来了就投降李自成、清军杀来了又投降清军，结果什么知府、巡抚、总督这些高官换了一茬又一茬，而他们两人到一直都稳如泰山不倒翁，从没动过，结果被推举出来向商家军请降。
李定国得知以后，也十分高兴，也夸了他们两句，称他们知识务，晓分寸，并且也保证商家军绝不扰民，然后派遣人马去接管勋阳。至此，湖北全境也全部都被商家军收复，两湖地区，也尽归商毅所有。
这次收复湖北的战役一共进行了二十三天，商家军一共计歼灭清军一万三千六百多人，俘虏一万二千七百三十七人，另外也缴获了一些物资、军器、马匹、不过击毙清军最高级的将领只是一个梅勒额真卓罗，而商家军自身，也阵亡了六千八百二十七人，另外还伤了两千六百八十八人。总体来看，取得的战果虽然不及收复南京战役那么辉皇，但也相当不错了。
在最后占领了郧阳府以后，李定国也分派人马，分别把守各地，由第七军驻守襄阳、勋阳，保卫湖北北面；第八军驻守荆州、施州，保卫湖北西面；自己和李牟、段鹏以及第六军、十五师返回武昌府驻扎，又让李过、高一功返回忠贞营，将其他士兵、以及家属都接到武昌府来安置。而堵胤锡向李定国提出要求，希望能够到杭州去和商毅见面，当面交谈，然后再决定自己的去向。
于是李定国、李牟、段鹏三人又联名将收复湖北的过程写成公文，以及堵胤锡的请求，全一起传到杭州，请商毅决定，并要杭州派遣一部份文职官员过来，接管湖北的行政工作。
十天之后，李过、高一功带领着忠贞营的全部士兵和家属到达武昌府，同时商毅的回复也传到了武昌，首先对湖北集团军的表现大加赞扬了一番，随后又下令，十五师和骑兵团返回长沙驻扎，并让湖北军区加强对湖北的守卫，谨防清军的进攻，并由李牟暂时兼任湖北省长，行使地方的行政权力，派来的行政官员也会马上到位，并且立刻开始组织百姓进行春耕，以及土地分配工作。
忠贞营整编的二个旅的番号为第三十旅，旅长李过、副旅长刘芳亮、参谋长刘汝魁，下辖两个团的团长为贺篮、田虎，属第七军编制；第三十一旅，旅长高一功，副旅长袁宗第、参谋长刘体纯，下辖两个团的团长为马重禧、张能，属第七军编制；其他降清反正的大顺军将领，如田见秀、张鼐、吴汝义、李友、李孜等人，根据这次功劳大小，授营连级军官的职务。而其余忠贞营的士兵也都重新编制，士兵及军官的待遇标准，也都按商家军的统一标准执行。
不过现在三十旅和三十一旅都还不能算是商家军正式的作战部队，因此暂时并不去其编属的军部报到，而是留在武昌府，和其他的新兵一起，接受训练，然后参加考核测试，合格之后，才能算是商家军的正式士兵，配发火枪等武器。
而忠贞营的家属也按先前说好，在武昌府内找地方安置下来，造籍登册，然后依据毎户人口的数量，分配给相应的土地，并发给种子、农具进行耕种。并同样享有鼓励耕种的减税政策。当然如果有人不想务衣，愿意经商、办厂、做工，也都悉听尊便，并按应分配的土地数量，补偿相应的白银。
李过、高一功、刘芳亮、袁宗第等忠贞营的诸将见商毅确实言而有信，尊守承诺，而且一切的侍遇也都依照商家军的条例，一视同仁，并无岐视，也就都放下心来，安心的留在武昌府，接受训练，争取早日通过考核，成为商家军的正式士兵。
而堵胤锡提出想和商毅面谈的要求，商毅也表示了欢迎，因此李定国、李牟、段鹏也马上安派下船只，送堵胤锡，以及所抓的清军俘虏去杭州。