到了下午二时左右，钟鼓楼区的大部份阵地都被商家军占领，清军己经被压缩到以钟鼓楼为核心的十余门民房内，这时清军在钟鼓楼区的人数己不足二千，商家军的战士们都己经可以看见钟鼓楼的基座。于是向这两座如鹤立鸡群一般高耸矗立的建筑发动潮水一样的进改。

而清军也在钟鼓楼上拼死防守，从每一个窗口中都有清军的弓箭手和火铳手，拼命的向进攻的商家军打去，有的还用石头、砖头砸，在两座建筑的周边，己经躺满了士兵们的尸体，而且有不少也是从楼上被抛下来后。

商家军首先杀到了钟楼边，用几十手榴弹一起炸开了钟楼的大门，突击队的战士们立刻从突破口里拼死往钟楼里冲。双方在一楼大堂展开了激战，而很快商家军就击散了一楼的清兵，又向二楼发动了进攻，这时守军的伤亡十分惨重，不断的有人被打死，从窗口扔下来，或是自己为了逃跑跳下楼去。而留在楼里的士兵则利用一切能够利用的东西进行抵抗，包括桌椅、柜子、木箱、成袋的粮食等等，都被用来当作掩体。

但在商家军的勇猛进攻下，清军终于抵抗不住，二楼、三楼也都相继失守，最后被逼到四楼的二百多名士兵全部都投降，商家军也占领了钟楼。

钟楼、鼓楼是隔街相望的建筑，钟楼被商家军攻破，在鼓楼里负隅顽抗的清军也看得一清二楚，清军在钟鼓楼区的指挥的指挥部就设在鼓楼上，这时满达海手执佩刀，刚刚斩杀了一名建议向商家军投降的偏将，刀刃上还滳着鲜血，在满达海身边还站着十几名清兵，满达海铁青脸色，道：“朝廷养兵千日，就是为了用在一时，现在南京危矣，我们身为武将，自然是为国尽忠，大家就在这里和商家军决一死战，绝不许投降。”

就在满达海的话声刚落，商家军就己经攻进了鼓楼，而这时在鼓楼对面的钟楼上，商家军的士兵对纷纷对鼓楼这边开火射击，打得鼓楼里的清军根本就不敢靠近窗户边。

而商家军向鼓楼的二楼三楼发动进攻，由于这时钟楼己经失守了，鼓楼里清军巳经没有抵抗之力，纷纷投降，因此商家军也十分顺利的杀上了鼓楼的第四楼，而这时满达海己在这里自尽身亡了。

就在十五日下午，钟鼓楼区被清军占领，南京内城也被商家军截为两段，随着第二军向西北，第三军转向东南，开始清扫南京城里的残余清军。

※※※

商家军对皇城的进攻也是从十五日清晨开始。

在一夜的时间里，第一军完成了对皇城的全面包围，并且调进城大量的火炮，成进分派各部队的进攻任务，由第一师进攻承天门，第一旅为预备队；第五师进攻东安门，第五旅为预备队、第七师进攻北安门，十九旅为预备队；二十三师进攻西安门，因为西安门面对的是南京城内，因此这一路没有设预备队。

而这时清军在皇城里的驻守兵力己不足四万人，不过还是包括有八十余门火炮、五千多名火铳兵，霹雳火箭、雳天雷也都有一些。南京的皇城虽然不算高大，但也都是由大石块和大方砖砌成，十分坚固，一般的火炮对皇城城墙的作用并不大。

清晨约七时左右，付责进攻皇城的第一军从东南西北四方大约近五百门火炮，向皇城一起开火轰击，而清军也在城墙上开火还击，双方用火炮对轰足足打了近一个时辰，其中还夹杂着大量的霹雳火箭对射，尽管商家军的火炮轰击对皇城的损伤并不大，但却清军在城墙上的火力点打掉了大半，霹雳火箭也基本全用光了，只能够使用火铳打击时，商家军这才出动了突击部队，向城墙发动了猛攻。

由于在进攻南京城墙时偿到了甜头，这一次商家军仍然是釆用爆破战术，但清军也有了经验，首先拼命阻击商家军的突击士兵，而等商家军将炸药包推放到城门边时，立刻在城头向下浇水，将炸药全部都淋湿，使商家军根本就无法爆破。

一师一连派上去两批爆破队，但都被清军用这种办法给破坏了，相反还使二十多名突破手倒在城门外。师长苏建林也觉得十分恼火，没想到清军想出的这种笨办法到还十分管用。

但就在这时，士兵们再次想到了使用门板，于是立刻从附近的建筑上拆下来几十块门板，爆破手们扛着门板，再一次冒着清军的打击，突进来到城门边，用门板在城门边搭成了几个小棚子，然后把火药放在小棚子下，这一下无论清军再怎么沷水也没有用了。而且苏建林也组织了一批士兵，对准城楼上轮番开火射击，也打得清军几乎无法探头。