而这时在指挥部里，也有人向商毅建议，仗打到现在，己经进行了四天时间，商家军战死的人数也已接近万人，同时还俘虏了清兵五千余人，也算是取得了重大突破，但士兵们也都十分疲劳了，而且现在南京城墙己被突破，也能缓一口气了，另外清军在南京城内还有皇城，虽然不比南京城墙却么坚厚，但也是一场艰巨的攻坚战，因此不如暂时停止进攻，休整一二天，让士兵们恢复一下，至少也要给士兵们补充一些弹药，然后再继续进攻。

但商毅经过反复思考之后认为，这个时候困难对于双方来说同样的，商家军虽然艰难，但清军更不好过，如果自己停下来补充整顿，清军同样也能获得喘息的时间，一但让战事拖延下去，说不定会生出其他许多意想不到的变化，比如清军会完全放弃南京，向外突围，然后在南方四外流窜作战，或者是化整为零，全面分散，都会给商家军造成更大的困难。因此在这个时候，必须集中兵力和火力，冲开血路，向守军的心脏凶狠刺下去。即刻向南京城内发动攻击，迅速全面占领南京城，将清军全歼在南京城中。

因此商毅也立刻向攻城的各部队提出了要求：连夜向南京城内发动进攻，不怕疲劳、不顾伤亡，不能摆困难，不能找借口，任何时候都不能停止进攻，要不停顿的攻击，总之就是攻击攻击再攻击，一直到消灭所有的清军为止。

同时为了鼓励全军的士气，商毅也觉定立刻赶到石城门，向第一个攻入南京的十八团，授于绣有“南京团”字样的旗帜，鼓励他们继续努力战斗，夺取全面的胜利。并且将做好的数百面绣着“收复南京、活捉多铎”的旗帜分发到各部队中，基本毎个营都有一面。

当然在俱体的战斗中，部队可以分为两批，轮流进攻休息，弹药将由民夫直接送到南京城来，让士兵们就在战场上补充，立刻发起新的进攻。而城外阵地的接管肃清工作，也由民夫来完成。并且还组织了十万多名民夫，分散在南京城周围，准备搜找和抓捕清军的零散漏网败兵。

而在俱体的战术布置是，第三军从神策门向南推进，占领钟鼓楼，而第二军从石城门向北攻，先攻克清凉山和小五台山，然后与第三军汇合，将南京城内分为西北和东南两段，再逐步清扫，而第一军从正阳、通济、朝阳三门进军，进攻皇城，而这一次雇佣兵团也将进入南京城参战，由第一军指挥，进攻皇城，同时商毅又下令，将作为预备队的第七军也调来随时准备加入战斗。

虽然经过了连日的激战，商家军的各部队确实都十分疲惫了，但由于连续的胜利，这时全军的士气都极为高涨，因此商毅的命令传到各军，同时又把旗帜发给毎支部队之后，士兵们也都抖擞精神，立刻整装出发，重新投入战斗中。

清凉山和小五台山是南京城内的两座小山，分别位于清凉门、石城门内偏西的位置，两山相隔并不远，也是清军在南京城中的两个重要的防守据点。第二军的任务就是首先攻取这两座小山，然后向南京城的纵深发展，与第三军在钟鼓楼前汇合。

这次担任突击的，是刚刚被商毅授于南京团旗帜的十八团，这时全团正是士气正旺的时候，因此在罗远斌下令了进攻命令之后，立刻都奋不顾身的山上猛冲，尽管清军也对进攻的商家军进行了猛烈的还击，什么霹雳火箭、震天雷也都一骨脑的向商家军狂扔，但这时商家军己将火炮都运到城里，向清军的阵地开炮猛轰，掩护着部队的进攻，整个小五台山几乎都被爆炸覆盖，而士兵们冲到了清军的阵地附近，又向清军投去了大量的手榴弹，所过之地，几乎全部被手榴弹炸了一遍。

经过了一个小时的激战之后，十八团攻上了小五台山，将清军压缩到阵地的西南角，而后续部队也迅速跟上，占领了小五台山的主阵地。而剩下了八百多清军全部缴械投降。

随后罗远斌也下令，将重型火炮拖上小五台山来，对着清凉山就是一阵猛轰，同时又派出一支部队，从清凉山的另一边发动进攻，在前后受敌的打击下，清军也无法继续在清凉山上坚守，一部份逃下清凉山，投入到其他阵地中去驻寺，另一部份都扔下武器，向商家军投降。

到天光放亮的时候，商家军也占颌了清凉山和小五台山的阵地。而罗远斌也下令，轮换一批部队，向钟鼓楼方面继续推进。

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第三军从神策门杀入之后，沿神策门大街向南推进，而凊军在金川河边组织了防线，阻击商家军的进攻。

付责进攻金川河防线的第三军第十五师，师长叫穆成新。尽管清军的防线并不强，但有金川河作为依托，仍然给商家军造成了相当大的困难，虽然金川河并不宽，但在黑夜之中，一时也找不到可以用来渡河的工具，士兵们只能冒然寒冷，跳入冰冷刺骨的河水中，徒步过河。

这也给清军制造了非常好低机会，因为在河水中不能填弹装药，而且火药也容易见水受潮，因此这时的商家军士兵几乎全无抵抗还击之力，而清军的火铳弓箭甚致是标枪如雨点一般的向河里打来，强渡金川河的商家军也死伤惨重，不一会儿，河里己浮满了战士们的尸体。