蒙古旗的军队有两万五千余人，主要的将领有：固山额真马喇希、吴喇禅、革霸库、富喇克塔等人。

在清军南征之后，招降的明军约有十余万人，主要的汉将有刘良佐、刘泽清、左梦庚、土国宝、刘进忠、金声桓、王得仁、卢光祖、田雄、徐勇、郝效忠等人。不过其中有不少人都是洪承畴的旧部。

而洪承畴整军的重点当然是南征之后收降的明军。因为满汉旗军、绿营的编制己经比较完善了，用不着洪承畴来重新编整，而且这里的关糸也错综复杂，洪承畴也不愿意去趟这滩混水。收降的明军不仅人数众多，而且来源也十分复杂，而且各将手下的兵力也不相等，有多有少，不过洪承畴下令将其全部打乱，然后重新分组整编。

洪承畴将降军一共为八镇，四大四小，以刘良佐、刘泽清、左梦庚、金声桓四人为大镇，每镇拥兵一万五千人，土国宝、刘进忠、王得仁、郝效忠四人为小镇、每镇一万人。这样一样各将的兵力都拉平了，不会有特别突出的。

在兵力的分布安排上，洪承畴在江北布置了十万人马，由贝子满达海坐镇归德府，全面指挥江北的军务，另外还有阿山、谭泰、佟图赖、石廷柱满汉各两名固山；而在南京一带布置十二万左右的兵力，由多铎在南京坐镇，手下有屯齐、尹拜图、刘之源、金砺。以及蒙古各旗等人。其余的人马都作为机动兵力。

同时又命山东的阿巴泰，派遣一部份人马驻守兖州，牵制商家军在鲁南的兵力，减轻自己在江淮一线的压力。

而在文治方面，洪承畴委任申朝纪出任河南巡抚，吴景道任河南布政使；张文衡为淮安府知府，兼授淮安道；金之俊为凤阳府知府，兼任淮安巡抚；马之先为武畕府知府，兼任湖广巡抚，刘清泰任湖北布政使；秦世祯为江南巡按，佟岱为江南布政使，付责管理各地的民政事务，安抚民众，蠲免钱粮、恢复生产。并且下令各地驻军均不得扰民。

同时洪承畴又向湖南、江西、安徽各省发檄进行招抚，只要是向清军投降，原官、司均可留任，并不念旧故。并且又严令耿仲明、尚可喜等人，凡事主动向清军归降的各州府县，均不得侵挠劫掠，当以安抚为主。

不过对商家军的措秩则是实行全面封锁，洪承畴要求，在浙江、江北、山东地区，完全封锁住双方的边境线，绝对禁止有人通过边境，和商家军联糸，也严禁商贩前往商家军的地区经商。一经发现，必然严惩。

因为洪承畴了解到，现在商毅的主要财政来源是依靠海外的贸易收入，仅靠浙江一省的生产，根本就支持不了商家军的战事开支。但进行海外贸易，需要靠内陆提供大量的商品，才能为海外贸易保障充足的货源。尽管现在浙江可以自行生产大量的生丝和丝绸，但其他商品也都需要从内陆购进，为了吸引商人，浙江地区己经将商品的收购价格提高了三倍。

为了追求大的利润，在商家军和清军对持的时候，乃然有许多商人冒险将各种商品，穿过清军占领地区，运到浙江来贩买。当然在通过清军防区的时后，商人都会向他们进奉大量的钱财进行贿赂。而这一笔钱自然也都落入了私人的腰包中，因此各地驻守的清军对此也是睁一眼闭一眼，毕竟和钱过不去的人还是少数。而且商家军安插在南京、江淮的情报人员，也主要是通过这些途径，把情报消息传入到浙江。

洪承畴对这种现像当然十分清楚，因此才下令必须全面断绝，彻底浙江的商品供应，虽然在短期内效果不会太显著，但时间长了，虽然不能从经济上完全拖跨商毅，但也可以使浙江的收入大减，从而大大削弱商毅的力量。同时也可以加大商家军的情报传递的困难。

对洪承畴这样的安排布置，多铎也全力的支持，并且派自己的亲卫队组成监查队，在各条防线进行巡查。

而在湖北地区，不过洪承畴到并没有急于向商家军的湖北根据地发动进攻，因为军队重新编组，调整都需时间。只是首先命令贝子尚善领军驻守黄州，为下一步征剿湖北的商家军做准备。而且封锁得也更为严密，在双方的边境线附近，一屡不许驻留人口，房屋建筑田园一屡拆毁。凡是敢和商家军有来住的人员，一屡格杀无。要将商家军在湖北的根据地彻底孤立起来。

因为洪承畴知道，商家军在湖北的根据地还不能达到自给自足，需要浙江的支援，而浙江对湖北根据地的支援，主要是依靠长江水道，因此想要进攻湖北的商家军，首先就要阻止商家军从长江的援助。因此洪承畴也开始着手整顿清军的水军。