同时李定国也下令，守卫阵线的十四团也出击，从正面对清军发动进攻。而黄得功一见，也立刻下令自己的人马，跟在商家军后面，一起进攻。

在江准战役结束的这半年多的时间里，进攻作战、野战都是商家军的重点训练项目，因此现在全军的整个作战能力都提升了一个层次，士兵们在向敌军发动进攻，还没有和敌军接触的时候，前排的士兵在射击完之后，就会立刻放缓脚步，让身后的战友冲到前排去射击。而自己一边前进，一边填充弹药，准备第二次射击，这样一来也形成一个波浪似的进攻，一层推一层。

在离敌军只有二十步的距离时，在射击完之后，一率不许在填充子弹，前排的士兵准备与敌军进行白刃格斗，而后排的士兵则用手榴弹攻击敌军，在扔完手榴弹之后，立刻冲到前面去用刺刀作战，这层层叠进，远近结合，给敌军造成连续不断的打击。

而现在正好是检查训练结果的时候。在商家军这种能够充份发挥火器作用的战术面前，单纯依靠冷武器作战的清军显然无法招架得住，尽管清兵的个人战斗力并不逊色于商家军的士兵，但仍然被打得连连后退，进攻的势头也立刻被揭制了下来。

清军本来在进攻时就己经受到沉重的打击，士气大落，现在又加上左右的肋部又遭到商家军的袭击，在这样三路夹击之下，跟本就无法抵抗，立刻全军败了下来。

虽然屯齐还想指挥一下全军，败而不溃，退而不乱，但刘良佐一见现在战场上败势己定，立刻发挥出过去将明军一败即溃，一退即逃的老传统，立刻拔转马头，向后就跑。而他手下的士兵也都是同样货色，谁也不管什么队型秩序，把武器一扔转身就跑，而且一边跑还一边大喊道：“跑啊，快跑啊，晚了就没命了。”

结果这种溃败的情绪也立刻传遍了全军，连一向听从命令的满汉旗军也不顾屯齐的指挥，慌不择路的逃跑。只气得屯齐在马上顿足捶胸，因为屯齐一直跟着阿济格作战，入关以来也都是一帆风顺，在打顺风战的时候，原明降军的表现还很不错，甚致可以用勇猛来形容，但从没有经历过降军遇到逆风战的样子，因此也完全没有思想准备，这时也无可奈何，只好跟着败军一起败逃。

而李定国和黄得功见清军败走，也率领着人马，随后紧追不舍，一直追击了十余里，直到清军都退进了大胜关之后，才算收住了脚。

这一战一共杀死清军六千余人，其中满旗军占了近一半以上，还俘虏了千余人，另外还夺马二百余匹，可以算是一个大胜仗，而黄得功也终于出了一口气恶气，看来以后还是要跟着商家军作战，才能弄几口汤喝。

在单简清理完战场之后，李定国和黄得功才带领着人马，从朱家营撤退，一直退到南京城聚宝门外的聚宝山边，才驻住了人马，进城去向商毅报功。

朱家营大捷的消息，迅速在南京城里传开了，整个南京也都沉浸在一遍喜悦之中。而南京朝廷上下在惊喜之余，也不得不承认，现在整个南方还确实还是只有商家军靠得住。

而且胜利总是最能够鼓舞人心的，南京城中也立刻安定了不少，许多本来己经打算离开南京逃难的居民也决定先留下来，再看一看情况再说，毕竟不是万不得己，谁都不希望离开自己的家园，总之南京整个气氛，都因这次胜利而为之一变。

商毅当然知道，这一次胜利仅仅也只是起到鼓舞士气，安定人心的作用，并不能从根本上改变目前的大局，保卫南京的任务，依然十分艰巨。首先下令，命李定国带领九师，驻扎在石城门外的莫愁湖畔，而黄得功部驻扎在正阳门外的山川坛边。聚宝门只留一个步兵旅驻守。

然后商毅又找到史可法和吴甡，把自己守卫南京的计划也原原本本都告诉给他们，当然隐瞒了玄皇教的存在，只说自己打算分兵两部，保卫南京城。不过请他们暂实不要把这个作战计划泄漏出去。

史可法和吴甡虽然对商毅的这个计划并不完全理解，因为在他们的意识里，守城就是要把敌人拒之在城门之外，如果让敌军攻入城中，城池也就被攻破了，但他们都是见过大阵仗的人，也知道现在的局势，并不会因为朱家营一胜而改变，而且基于对商毅的信心，同时两人也确实拿不出什么好办法来，因此现在也只能选择相信商毅了。

得到了史可法和吴甡的同意之后，商毅也立刻在南京城中开始布置起来。