在来南京的时候，商毅就想过，现在南京的局势过于复杂，谁知道东林党还有玄皇教会安什么心，因此商毅丝毫也不敢大意，无论去那里都会穿好防弹衣，带上手枪、手雷和双截棍，靴子里插好匕首，以防万一。同时卫队也随时做好保护他的准备。

商毅的卫队有两个连，一个连是汉族人组成，连长是吴亮，另一个连却全是由黑人组成，他们本来都是奴隶，是商毅给了他们自由，都对商毅都非常感激，十分忠心。而且黑人卫队的另一个好处在于他们不会理中国的规据，完全听从商毅的命令，无论让他们做什么都不会有半点犹豫。而这个连的连长是亚莉桑徳拉的弟弟安德烈。

不过卫队也不可能进入皇宫内部，只能在南京皇宫的正门承天门口等着。不过商毅也和卫队约定好，一但自己发出信号，卫队就向皇宫里面杀入，接应自己。这样分派完之后，商毅才跟着史可法等人，进入皇宫内部，去朝见朱由崧。

南京皇宫也叫紫禁城，主殿的名称和北京皇宫一样，为太和、中和、保和三大殿。朱由崧就是在第一殿太和殿接见商毅和文武大员的。

商毅向朱由崧施礼己毕之后，朱由崧首先赐他平身，然后才道：“商爱卿远路而来南京，一路辛苦了，朕甚是欣慰，前者因为小人为扰，也使商爱卿受了不少冤屈，但如今国事艰难，形式危急，还请商爱卿不要计较，凡事都当以国事为重，大局为重。”

商毅道：“回禀皇上，臣与朝中官员，本无私怨，何况现在清虏大军压境，南京危急，臣岂敢以个人私怨，而不顾国事，请皇上放心，臣必当竭尽全力，为保南京不失，并驱逐鞑虏，收复失地。”

朱由崧点了点头，对商毅的回答也十分满意，然后又问道：“卿此次入京，不知带来了多少人马？”

商毅道：“臣接到诏书之后，立刻出兵，一时也没有耽误，但行走匆忙，这次只带来了约三万人马，但随后还有八万大军，十日之内，必然赶到南京。”

其实现在商毅只带来了一个步兵师和特种旅进入南京，总兵力还不到两万，另一个旅押运的物资在后面，预计会迟一二天到南京。他当然知道，就凭这两万五千人，肯定不能让南京的君臣满意，因此索性也夸大其辞，安定人心，也给自己造成大声势。

朱由崧和官员听了，到也没有多怀疑，因为大军调动，确实需要不少的准备时间，因此先带少量人马赶来，将大队人马留在后面，也是十分正常的事情。而且有不少人心里都在想，如果等商毅的人马都到了南京，到是足够守住南京了。

就在这时，一个黄门官匆匆从殿外进来，道：“启禀皇上，黄得功将军被清军击败，江宁镇失守，清军的前部人马己经杀到了大胜关。现在黄将军率军正在向南京撤退，请救朝廷立刻发兵接应。”

黄门官的话刚一说完，整个金殿上顿时一阵大乱，大臣们纷纷交头结耳，议论一片，就连朱由崧的脸色也变了。因为以前的形势无论多么危急，清军都还在应天府的范围之外，因此南京君臣的心里多少还都有一点安心，而大胜关己属于顺天府的范围，离南京不足二十里，这一次清军可以说是真正的兵临城下了，怎么能叫他们不慌。

幸好史可法到底还是见过大阵仗，立刻出列大声道：“各位大人不必惊谎，现在商督师己经到了南京，必能力保南京不失。”转身又对朱由崧道：“禀皇上，为将者当有专断独行之权，方可便宜行事，请皇上授权于商毅，让他全面付责南京防务。”

听他这么一说，大殿上才安静了下来，全都用其盼的眼光看着商毅，这可是南京的最后一根救命稻草了。而朱由崧这时也稍稍心安，立刻问道：“商爱卿，你看现在当如何拒敌清虏呢？”

商毅道：“回禀皇上，清虏现在不过是先头人马，并不足为虑。但守卫南京，事关重大。臣初到南京，尚不知全情，当与史阁老等人计议之后，再作决定。”

朱由崧点了点头，立刻又下旨，封商毅为左都督兼南京守备，付责整个南京的防务，凡事均可便宜行事，并又赐给他尚方宝剑一柄，以后如有阻扰军务者，均可先斩后奏。而又让吴甡官复原职，和史可法一起付责诸事协调，全力支持商毅的军事行动，然后才下令散朝。