虽然商毅这次被玄皇教摆了一道，但现在也没有别的应对办法，好在他一直都没有对明军抱以多大的指望，而且也从来都没有在凤阳死守淮河一线的打算，在取得了第一阶段的胜利之后，也更坚定了他的这种想法，就算黄得功和刘良佐返回了江北。如果清军真的再出动大军进攻，商毅还是会适当放弃凤阳，退守到扬州一线，利用江淮这一带广阔的地区，并不拘泥于一城一地的得失，而是在局部战场集中优势兵力，以运动战歼灭清军的有生力量，慢慢的和清军周旋。只不好现在给自己实施这些战术，减少了一些接应点，增加了一些困难。
因此商毅还是下令李岩，让他派弟弟李牟先到南京，接受南京朝廷的委任，领取诏书，然后赶到湖广，去寻找李自成。
这时李自成的处境己经相当难过。在清军攻占了西北之后，大顺军分东西两路向湖广撤退，东路军是由李自成、刘宗敏、田见秀等大顺军的主要将领率领，为大顺军南下的主力人马，士兵连同家属共计有三十余万，而且又携带了大量的财物辎重，因此行动十分缓慢，又遭到阿济格的穷追猛打，在邓州、承天、德安等地均遭到清军的追击，双方连续接战数次，大顺军均告失利。不过李自成到是且战且退，终于在弘光元年（1645年）三月下旬，到达了襄阳府。
而西路的大顺军就遇到了一些麻烦，这一路的主将是李过和高一功，他们原本是驻守延安、榆林的人马，李自成弃守西安之后，原来大顺军在西北地区的原明朝归附将领左瓖、牛成虎等都先后向清朝投降，清军己经切断了他们与李自成直接汇合南下的路线，因此李过和高一功只好改由陕西汉中入蜀，顺长江东下湖北，在和李自军合兵。
但迭时镇守汉中地区的大顺军贺珍、罗岱、党孟安、郭登先四将却已变节降清，以武力阻击李过、高一功等部大顺军过境。经过一翻激烈的战斗之后，李过、高一功等部才冲破了贺珍等人的防区，由汉中南下四川太平、东乡、达州、夔州等处，然后顺江东下，而抵达湖广荆州地区的时间，己是下半年的事了。
因此现在到达湖广的，只有大顺军的东路军。不过虽然在一路上遭遇到了清军的猛烈追击，但这时李自戍还有从西安、河南带来的大顺军还有十三万余人马，而原先在部署湖广地区襄阳、承天、德安、荆州四府的兵员还有七万余众，也被李自成调集随营，合计约有近二十万。另外大顺军的主要人员刘宗敏、田见秀、刘芳亮、牛金星、宋献策等人都还在，而且大顺军在湖广四府经营了近两年，统治基础也比较稳固，可以说大顺军仍有当然强大的力量。
不过湖广四府的地域狭小，回旋余地不大，而且在背后还有明军，不能做为抵抗清军的基础，因此李自成和众将商议，决定抢在清军南下之前，先夺取南京为根本，然后再抵抗清军。并派田见秀为先锋，从沔阳州的沙湖一带渡过长江，并在荆河口击败左良玉部将马进忠、王允成部，攻占了武昌府，而这一战也是导致左良玉出兵东犯的直接原因。
但阿济格的大军也己经赶到湖广，直扑襄阳。因为这时李自成把所有的人马都集中在长江沿岸，准备进攻南京，襄阳一带的防守十分空虚，被清军一举攻占了襄阳府和荆州府，李自成急派刘宗敏领军在德安府迎击清军，但又被清军击败，徳安府也告失守。
这时大顺军在湖广的四府己失其三，现在仅有承天、武昌二府之地。李自成也左右为难，因为清军来得太快了，有南京还有明军保卫，如果继续率军东下，承天、武昌也难保全，一时又难以取下南京，这么一来大军既无地方提供后勤供应，又要保护着随军家属，又仅指挥将出现极大的混乱，而且处竟也十分困难了。
就在这时，李牟乘船沿江北上，到达武昌府，见到了李自成，把明朝有意招降大顺军的意图说了一遍，并且又送上了李岩写给李自成的信。
李自成这才知道，原来李岩己经归降了商毅，看完了李岩的信之后，李自成虽然沉默半响无语，但心里却真的动了心。从北京退出之后，大顺军一败再败，尽管李自成一直在用“我们本来就是什么都没有，不管怎么说，我们也杀了皇帝，自己也做了皇帝，也住过皇宫。现在只不过还是什么都没有，失去的以前还可以再打回 来。”安慰大顺军的将士，同时也是安慰自己。
但李自成心里清楚，自己现在已经不再是当初那个一无所有的流寇了，别的不说，单是这随军的十几万家属，都不能轻易放弃掉。如果这个时侯真的能够接受明朝的招降，至少也不用腹背受敌，可以一心一意的抵抗清军，而且明朝还能够为自己提供粮饷补给，这也总比再四处流窜要强多了。
至于其他的事情，可以等打退了清军之后，再做定论，反正自己也不是真的投降了明朝，如果实在不顺心，那就再扯旗造反呗，只要自己手里有兵，就什么也不怕。而且在明军之中，除了商家军之外，其他的军队李自成都不放在心上。
而且李牟也把话直接向李自成挑明，其实商毅根本和明朝不是一心，现在只不过是想借明朝的大名议，割据东南沿海的富裕地区称王而己。李牟甚致还说，如果打退了清军，双方甚至可以从东西一起夹攻南京，一举灭掉明朝，然后平分南方的土地，各自自立为王。这个建议也让李自成动心不己，毕竟他也当过几天皇帝的人，这感觉还是很好，如果真能再做几天，到也很不错的。
因此李自成也招集众将，一齐讨论这件事情。虽然一开始遭到了许多将领的反对，但经过了李牟的解释之后，众将也都觉得只要是保持大顺军的独立性，在名议上接受明朝的招安，到也不是不能接受。