商毅在南京的时候，和黄宗羲到是见过一面，但两人并没有什么交流。黄宗羲只把商毅当做一般的武将存在，而商毅也不想和东林党多拉上关系。

商毅两次上报到南京的山东捷报，给南京朝廷造成了不小麻烦，因为现在南明朝廷中，无论是东林党还是马党都己经取得了一致的意见，决意与清军议和。因此以马士英为首的一批官员但心商毅的行动会激怒清军，而拒绝与南京朝廷和谈。而吴甡却认为商家军在山东取得的胜利，可以让清军认识到南京朝廷还是有相当的实力，不可轻易战胜，对议和是有帮助的。

虽然两派的观点各异，但不管怎么说，商家军毕竞是取得胜利，而且还是对清军的胜利，当然应该给予嘉奖。不过商毅的官职爵位己经够高了，这一次也就只赏赐，不加级，但对在山东战场的几员商家军主将都给予加官晋爵。周少桓现在己经是副将，加授山东指挥使，童大勇现在是参将，加授山东指挥同知等等。而黄宗羲就是被派来宣告南京朝廷的封赏。同时还有封周世奇为浙江布政使、王夫之为浙江按察使的正式公文。

当然黄宗羲还有一个使命，就是劝商毅悠着一点，别干得太过火了，万一真把清军给惹急了，也不好办。因为黄宗羲也同意与清军暂时议和。

和左良玉、江北四镇这些军阀不同，在表面上，商毅对南京朝廷还是表现得相当尊敬。黄宗羲的官职并不高，但是朝廷的特使，也就相当于钦差大臣，而且又是著名的思想家，因此商毅也对黄宗羲做了十分隆重的欢迎。并且带着周世奇和王夫之在杭州城外迎接。

双方见面之后，商毅也主动上前施礼，笑道：“南雷先生，南京一别近两个月了，别来无恙吗？”黄宗羲在晚年号梨洲，但在年轻时号南雷，因此商毅也这样称呼他，以显得对他尊敬。

见商毅的态度客气，黄宗羲也不能据敖，他对商毅虽然不怎么待见，但也清楚现在东林的首要敌人是马士英，而商毅从一定意义上说，还可以算是东林党的盟友，因此拱手施礼，道：“商军门，久违了。”因为商毅是以武将出任巡抚，因此按惯例可以被尊称为军门。

两人都客气了一番，然后商毅又向黄宗羲指引周世奇和王夫之。其实王夫之对黄宗羲也慕名己久，因为这个时候黄宗羲的文章学识在仕林中己经很有名气了。

而现在王夫之的名声虽然还不如黄宗羲，但他一直在《杭州时报》上发表文章，随着《杭州时报》的影响力越来越大，王夫之也知名度也在逐步提高。黄宗羲虽然对《杭州时报》有不少非议之处，但也在报上看到过王夫之的文章，也对王夫之的才学十分赞赏。

商毅把黄宗羲迎进杭州，在巡抚衙门坐座，黄宗羲首先宣读了朝廷对商毅的嘉奖，以及对有关人员的升职欶令。而商毅等人也装模样向南京方向遥拜，表示对皇帝的谢意。而黄宗羲也说了一些免励鼓舞的话，气氛也十分和谐。随后周世奇、王夫之等浙江官员也都一一告退，只留下了黄宗羲和商毅两个人。

黄宗羲这才道：“商军门，你可知道，朝廷己经派出北使团，北上进京谒陵，祭告先帝。”

商毅点了点头，道：“这样的事情，我当然知道，难到说朝廷是怕我在山东胜利，会惹恼清军，影响了这次议和吗？”

黄宗羲到没想到商毅会说的这么直接，也不禁苦笑了一声，道：“现在朝廷内部的情况，商军门恐怕也是知道一二，奸臣当道，阻塞贤路，朝纲不兴，因此不可轻开战端，还是稍作退让为好。”

商毅心里想着，南京朝廷现在乱成一团，你们东林党恐怕也是功不可莫吧，不过他正在也不想和黄宗羲去争这些，因此道：“南雷先生，依我看来，此番和与不和，恐怕不再于我们，而在于满清吧？”

黄宗羲怔了一怔，道：“商军门，此话怎讲？”

商毅笑道：“如果满清一意要夺取我大明江山的话，我们就是派出使臣，做出退让，恐怕他们也不同意与我们议和的。因此我料这一次议和难成，而己恐怕是议和的使臣都难以再归南方。”