接着商毅又下令，命六团去替换守卫苏州的第五团，把五团调回杭州，并以四团、五团这两个团为核心，组建商家军的第三师和第四师。力争在今年内，浙江地区的三个师都将整编齐全。

因为这次北京之行还得到了不少马匹，因此商毅也决定，从中选出一批充当战马，将骑兵团扩大升级为骑兵旅，仍然由杨武丞担任旅长。而侦察兵团不变，原来的两名团长，周琦和吴汉生各有新的安排了，因此侦察团的团长就由段鹏担任，商毅的卫队另选其他人。

同时商毅也对军队的制服也进行重新设计，步军的军服还是墨绿色，而骑军为红色，海军为深蓝色。

在士兵的装配上，一个标准步兵的武器是一支带刺刀的火枪，两到四颗拉弦式手榴弹和六十发定装子弹，手榴弹和子弹都用一个防水的牛皮包装好。

而骑军分为轻骑兵和重骑兵两种，不过商家军的重骑兵和传统的重骑兵慨念不同，所穿的盔甲和轻骑兵差不多，只是胸甲略厚一些，战马也只是在头部，颈部，正面装上铁甲，实际上重骑兵同样据有很强的机动性和速度。而轻骑兵和重骑兵的武器配置，都有一支带护手盘的长矛，一把马刀，一柄单刀。另外轻骑兵还会配五把短柄飞斧。而下一步，商毅还打算给骑兵配上短管火枪。

只有海军的装配最简单，海军分为士兵和水手两类，水手付责操作战船以及火炮，因此都不配盔甲和火枪，所用的武器也只是短刀或水手斧，而士兵则付责海战中的接舷战，或者是登陆作战，也和步军一样，装配护甲和火枪，但一般情况下不配手榴弹。

而这一次军队的重点调整是在海军，商家军的海军成立己有大半年时间，既使不算西班牙雇佣海军，总人数己达到五千五百多人，其中基地成员为一千二百多人。目前己经拥有各种船只一百八十余艘，包括西式战船有五十二艘。论规模己不算小了，但因为海军一直都处于草创和训练阶段，因此暂时还对海军进行分类整编，各艘战船也没有命名。而现在海军虽然还没有进行过一次战斗，但也出航参加过几次任务，也应该正式整编。

商毅首先把海军的船只进行分类，大致分为主力战船、铺助战船、运输船、哨船四个大类。所有的西式战战船全都划归为主力战船；铺助战船包括有两艘一千料福船，六艘六百料福船和六艘四百料福船、二十二艘苍山船、十八艘艟矫船；运输船有五十五艘，全是褔船；哨船有十八条，包括十二艘开浪船和八艘飞剪船。

同时又把主力战船分为五个等级，两千五百料以上为一级；两千料至两千五百料为二级，一千五百料至两千料为三级，一千料至一千五百料为四级；一千料以下为五级。一级和二级都称为战列舰，三级称为巡洋舰，四级称为驱逐舰，五级称为护卫舰。这个分类也是大体参考稍后一些时间，英国对战舰分类的标准。毎艘船设船长一名，大副一名，其余职位根据各船的大小不等，各自不同。

战船的名称，商毅决定一级战列舰以中国古代名将的名字来命名，二级战列舰，以中国神话中的神兽命名，而现在商家军的一级战列舰还没有，二级战列舰也只有“银河”号一艘，也就不改名了，等以前造出了新的战列舰，再按这个标准命名。

三级巡洋舰也是以后重点发展的类型，以后也会是数量最多的一种战舰，因此就以天罡地煞星来命名，不过现在商家军只有六艘巡洋舰，分别命名为：天魁号、天罡号、天机号、天闲号、天勇号、天雄号。

四级驱逐舰目前有二十八艘，正好就用二十八星宿的名字来命名，五级护卫舰有十八艘，则全部用浙江地区的地名来命名。其他辅助战船都是褔船，因此也以“福”字号来命名。

不过目前商家军的海军的主力战船虽然不算少，但从结成上来说，目前商家军的搭配并不合理，中小型主力战舰偏多，而大中型战舰偏少，合理的战舰搭配应是以第三级巡洋舰为主，然后向两头逐次减少，因此在以后要逐渐改善这个结构。

然后商毅又将目前的海军分为五个分舰队，毎个分舰队只有主力战船和铺助战船，数量在二十艘到二十五艘不等，设旗舰一艘、第二旗舰一艘，旗舰舰长同时也兼任分舰队舰长。而运输船和哨船则根据战场的需求，临时分派给各支分舰队。

因为在这个时候的海战通迅不便，无论是多么训练有训的海军，靠一艘旗舰根本不可能指挥得了百艘以上的战船，因此将一支船队分散为若干支二十艘左右的分舰队，实行层层指挥，才是最好的办法。

另外商毅还得到了一个好消息，自己建造的两千料福船，己经在造船厂里下水试航成功，可以服役使用。而且在造船厂的主体结构都己经完成，开出了大小十个船坞，并且又有两艘二千料福船，六艘一千料西式帆船在建，预计在九十月份，造船厂建造的第二批船只也可以投入使用了。并且还将再开挖三到五个船坞。眀年将达到年产船只二十条以上。