接任文书司主事，商毅也正式任命，由李岩担任。这个决定出乎很多人的预料，因为文书司是直接对商毅付责的机构，商家军的许多政令，都是由文书司传达，这么重要的位置，任命一个刚投降的人担任，确实让人想不到。但现在商家军也真缺少文职人员，除开了王夫之，能担任文书司主事的人选，真的还不多。再加上又是商毅亲自指定，因此也没有人反对。

李岩的妻子，红娘子也被商毅任命为巡抚府的内务主管，也就是付责保卫府里的女眷，如果商毅的妻妾中有人出外办事，就将由红娘子担任护卫。也算人尽其用。

而李岩夫妻知道自己都被商毅委以重任，也十分感激，因此也都决定尽心尽力为商毅效力。

随后商毅又决定，増设二个新机构。

一个是商业司，归属在行政司以下，由李格非出任主事。

浙江本来就是中国商业最发达的地区之一，在商业上也大有潜力可挖，因此规范商业行为，制定统一有效的商业制度和完善的商业税收，也是非常有必要的，那么就需要一个专业的行政机构来进行管理，商业司也就应需而生。商毅本来打算让林之洋来出任主事，但林之洋考虑到和商毅连姻之后，自己就是商毅的岳父泰山，也该避一点嫌，因此也挽言谢绝，改推荐李格非。

商毅也知道李格非也是一个非常有见识的人，而且他还有海外的生活阅历，商业行为有很大一部份都在海外贸易上，因此李格非也是一个非常合适的人选。

其他人对这个新机构并没有什么异议，因为浙江地区的商业氛围很浓，而且商毅旗下的产业也越来越多，确实需要一个专门的机构来管理。商家军进驻浙江之后，林家也帮了不少忙，也得到了许多人的好评，因此商毅任用李格非，也没有反对。一来商毅和林凤舞订婚的消息也在杭州公布，李格非也等于是林之洋的心腹，二来李格非本来就是商人，这也是让专业人管专业事。

另一个是监检司，负责对浙江的各级官员进行监督检查其贪污、受贿、渎职、作风等行为，也就相当于后世的纪检委或廉政公署。

随着商家军在浙江的统治稳定下来，商毅手下各官员的权力也都会随之扩大，而权力的扩大，必然就自造成各种营私舞弊的现像发生，在权力的面前，绝不能把希望寄托在每个人的自律上必须要有一个有效的监查机构，来监督检查官员们的行为和工作。毕竟每一个贪官都是从小贪开始，逐步走向大贪的。

商毅不怀疑目前自己手下的官员对自己的忠诚度，但忠诚不等于廉洁和奉公，想依靠他们的忠诚度来保持自律是痴心妄想。因为人都有自私性，如果能够利用手里职权为自己谋取一些利益，相信绝大多数人都很难抵挡得住这种诱惑。更不要相信体制的受益者就会例外，因为毎一个贪官污吏其实都体制的受益者，都会拥护给予自己权力的体制，但这并不妨碍他们会以损害体制的利益来填满他自己的腰包。哪怕这样做会最终毁灭这个体制。

以前商家军的规模小，而且从一开始，商毅建立了完善的财务制度，又有审计机构，因此到现在为止，商家军内部没有发生大的营私舞弊事件，但小贪小污依然时有发生，己经处理了五六起。当然这种小打小敲的事情，也是不可能完全避免，只能发现一起，处理一起。但规模扩大以后，仅靠审计司也不够，何况审计司也只能管得住财务，管不用职权，因此设立一个监查机构，也是完全有必要的。

监查司将由商毅直接管理，主事是郝君侠。他原来是北京的户部主事，非常忠于职守，尽职尽责，虽然在商家军中的资励不够，但从另一个方面看，和任何一方也没有什么深交，在相当程度上也保证他的公证性，因此出任监查司的主事非常合适。从权力上说，监查司拥有调查权、问责权、临时拘捕权，但没有审判权。当然监查制度还要在试行中慢慢完善。

两个新设的大机构就这样确定下来，最后，在农业司下面，商毅又设立了土地局和粮食局这两个次一级的部门。

在掌握了浙江的权力之后，商毅对内的下一步计划就是清丈土地，查实田产，一方面是使毎一户都有自己的土地，稳定社会局面，也为以后安置难民做准备，另一方面也是做为以后税收的依据，多田产者多交，少田产者少交，保障税收的公平性。因此也需要成立一个专门的部门来管理这方面的工作。