北京被攻破的消息传到南京之后，南京朝廷为立福立潞立桂，闹得沸沸扬扬，东林党人都表现是十分活跃，只有吴甡一改初到南京时锋芒毕露，收敛了许多，很少主动发表什么意见。吴甡虽是内阁大学士，督师，但北京朝廷一灭，这些都成了虚衔，因为吴甡督师的时间也不长，没有陪养出自己的嫡系力量，原来的部下黄得功、刘良佐等人也都投到了马士英那边。而现在的实际权力，都在南京官员手里。

虽然在名议上，商毅还是吴甡的部下，但吴甡心里清楚，自己根本管不住商毅，但吴甡还不能让别人知道这一点，在表面上还要维持着自己能够调动商毅的样子，因此只有这样，吴甡才能够在新朝中立足，因此在当初马士英和江淮四镇宣布拥立朱由崧时，有人建议调商毅率军入南京与其抗衡，但吴甡马上站出来反对，就是怕自己这点底细被泄漏了。

但吴甡心里也知道，时间长了，肯定是瞒不过去的，因此这次到杭州来，吴甡根本就不关心遗诏的真假和内容，而主要是希望和商毅达成一个协议，互相扶持，互惠互利。因为吴甡也相信，现在的商毅同样也需要一个能在朝中帮他说话周旋的大臣。这样的结盟，对两人都好。

因此两人见面之后，吴甡道：“以恒，要是朝廷当日早调你率军救援京师，也不会落到如今这番田地，实在是令人叹惜啊。”

商毅当然听得出吴甡是话里有话，道：“可恨当时都是陈演、魏藻德这批无能之辈把持朝政，不仅害了先帝，同时也害了大明江山，若是当时阁老在朝，也断不会出现这般结果。”

吴甡心中一动，看来商毅果然是很上路，于是又道：“事情都己经到了这个地步，还说这些有什么用，只是现在我大明只剩这半壁江山，北面又有流寇、北酋虎视眈眈，我素知以恒善能用兵，骁勇善战，因此以后还需要以恒多多尽力，日后这中兴第一功，非以恒莫属。”

商毅道：“阁老太过讲了，末将为国尽忠，自当万死不辞，只是恕末将直言，现在朝中朋党相争，互相争权夺利，而福王监国又暗弱无察，怕只怕大将征战于外，而权臣进馋于内，倒头来落得个不得善终，岂不冤枉，因此末将心中，也是十分惶恐啊。”

吴甡点了点头，慨然道：“以恒请尽管放心，朝中虽有小人，但君子犹在，小人虽为祸水，但有君子可做堤坝，侠其不致为害，也绝不会让以恒受小人中伤。”

商毅摇了摇头道：“小人固然难缠，但所谓正人君子，恐怕也未必真能持正，史尚书到是真君子，只可惜太迂直了，因此满朝之中，末将能使得过的，也只有阁老一人而己。”

话说到了这个份上，吴甡也明白商毅的用意，他只是想和自己结盟，但并不想和整个东林扯上关系，虽然吴甡对商毅说东林党未必真能持正，觉得有些刺耳，但这样反而更好，自己在东林，甚致在南京朝廷的地位，就显得更为重要了，因此也正色道：“好，只要有老夫在朝中一日，必会全力为以恒抗挣，请以恒尽管放心。”

商毅也正色道：“有阁老这一句话，末将自然也就再无疑虑了。”

尽管在另一时空里，吴甡在这个时候己经退出了政治舞台，但商毅和吴甡同事过一段时间，加上历史的评价，也知道和史可法、钱谦益相比，吴甡在政治的见解，施政能力，灵活度等方面都要比他们强得多。商毅当然清楚，虽然自己不想参与朝中的斗争，但也不可能完全避免得了，这次王维如出任浙江巡抚，也就是一个例子，因此如果真的和吴甡结成同盟，在朝中有一个得力的同盟者，宫里又有王德化，到是可以为自己减去许多麻烦。

随后商毅拿出两份遗诏，请吴甡过目。第一份的内容基本都在吴甡的意料之中，第二份到让吴甡有些意外，不过看完之后，吴甡笑道：“原来如此，到是要恭喜以恒了。”

商毅也道：“此事还请阁老帮忙维持。”

吴甡大笑道：“好说，都包在老夫身上。”