商家军十分顺利的开进了鸡笼城，解除了西班牙军队和土著军队的武装，控制他们的行动，并占领了全城。到了黄昏时分，后续的大队船队也到达了鸡笼港，同时也占领了鸡笼港外的社寮岛（基隆和平岛）。而波特里澳见了，也更加庆兴自己的选择，以这样一支兵力，就算是攻占全台湾，也不会费太多的力气，那是自己这一个小小的鸡笼城能够阻挡得了。

当天晚上，商家军就在鸡笼城外驻扎，商毅则毫不客全的住进了波特里澳在鸡笼城里的府邸里。

这个时代的台湾才刚刚开始开发，本身的生产还十分落后，土著基本都还停留在原始社会的生活水平。像样的城市没有几个，鸡笼城实际还不如浙江的一个普通小县城。所谓的城墙，也不过就是个土围小。不过经过了颜思齐和郑芝龙二代的几次大规模移民之后，先后有数万明朝百姓移迁到台湾，也初步带动了台湾的生产发展。在鸡笼城里，就有一千余名汉族百姓居住，另外还有一千多当地的土著。

商毅招见了几名百姓中比较有威望的老人，声明自己是代表大明朝廷，来收复台湾，让他们不要害怕，各安生产。并出重赏寻代向导。

虽然这些居民对商毅的说法也是半信半疑，但商家军进城之后，军纪严明，包括亚莉桑徳拉的西班牙雇佣军在内，确实也对城里的居民都是秋毫无犯，而且还帮居民们做事，和以住西班牙军队的行为确实是大相庭径，再加上毕竟是同根同源，本能也要亲近一些，而且大明朝廷在华人心目中，还是有一定的威信力，因此也就慢慢放松了戒备之心。同时也有人应征，充当向导。

西班牙人是在1628年开始在台湾驻军，他们就是在鸡笼港登陆，并在台湾北部先后建立了圣地亚哥城（台北县三貉角）、至萨尔瓦多城（基隆和平岛）、圣多明哥城（淡水）等三城。因为鸡笼正好位于这三城形成的三角形中间，因此西班牙人也称鸡笼为“至圣三位一体城”。在1634年西班牙军对出兵攻占了噶玛兰（宜兰），将台湾的东北部全部化规为自己的势力范围，建立起殖民统治。

现在鸡笼、社寮岛都被商家军占领，而在第二天一早，商毅就下令，分兵三路，在向导的带领下，还带上了几名西班牙军的军官，向西班牙人的另外两座圣城：圣地亚哥城和圣多明哥城，以及噶玛兰发动进攻。全面夺取西班牙军在台湾的地盘。

西班牙军在台湾的驻军最多时达到一千五百余人，但在1638年因为菲律宾总督科奎拉征伐摩洛族，需要兵源，因也从台湾调走大部驻军。这时全台守军不足七百，只能集中兵力来守卫鸡笼和噶玛兰两地，圣多明哥城几乎己经完全放弃，圣地亚哥城的守军也只有一百多人。只有在噶玛兰到是还有二百四十多名守军和五百多土著兵。

因此在商家军的兵锋所到，又有西班牙军的军官劝降，圣地亚哥城和圣多明哥城都开城纳降，没有暴发过一场战斗。只有驻守噶玛兰的西班牙军却拒绝了劝降，同时也对商家军的危胁：破城之后，所有西班牙士兵一率枪决。不屑一顾。坚决要与商家军一战。

于是商家军又等了一天，才向噶玛兰发动进攻，结果在商家军的十门火炮的轰击下，不到一个时辰，噶玛兰的土围城墙即土崩瓦解，而守卫噶玛兰的西班牙军和土著兵也被打得死伤惨重。这才知道双方的实力相差太远了，只好也投降。整个战斗只用了不到半天时间。

而至此，西班牙人在台湾的势力也全部都被商家军接收。离商家军踏上台湾的土地，仅仅只有三天时间。

随后商毅下令，通知商家军管辖地区内的各华人，当地土著，到鸡笼城来参加会议。

台湾土著在后世统称为高山族，实际可以细分为泰雅、赛夏、布农、邹族、鲁凯、排湾、卑南、阿美、达悟—邵族等十余个族群。台湾土著是以社为居住单位，大体相当于村、寨一类。一个社少则一千余人，多则有五六千人。

在台湾东北倍围绕鸡笼和淡水一带，可大体划分为三个区域：淡水河流域、鸡笼东北角一带以及兰阳平原。基本上相当于后世的新北市、台北市、基隆市、桃园县、宜兰县等地，总面积约为二千七百多平方公里。根据西班牙人的资料，在淡水河流域的土著人主要有武胜湾社、基马逊社、圭柔社、八里坌社、北投社、里族社等；鸡笼东北角的土著人主要有三貂社、金包里社等社；位于东部沿海的兰阳平原上则分布着哆啰满社、葛玛兰等社。总计人口约有四万佘人。另外在这些区域内定居的华人也超过了七千。形成了十余个大小华人群落。

经过了十几年的共同生活之后，华人与台湾的土著基本能够相处融合，一来目前台湾还是地广人稀，土地并不紧张，土著以渔猎为生，而华人从事耕作，双方并没有太多利害冲突，相反还能够互补。而另一方面也是因为中国人的性格温和，凡事以和贵，习惯于靠自己的劳动来换取财畗，而不像欧州人那么野蛮凶残，掠夺成性。而且华人还经常与土著交换商品，用粮食、盐、糖一类物品换取兽皮，金、银矿产等物，因此一般土著对汉人都比较友好，而且也非常倚重他们。