但不知为什么，从昨天晚上开始，叛军的士兵就在城中四处抢夺，也不分富户穷人，见什么抢什么，稍有反抗就格杀勿论，还放火烧毁了一些房屋。因此城中的秩序也大乱了起来。而且在天亮之后，有人看见一部份叛军赶着马车，逃出城去。但城里还是留下了不少叛军，同时也更为凶恶，烧杀抡掠，什么事都做，于是许多百姓都逃出城避难。

商毅听他们说完之后，估计是玄皇教见大势以去，死守杭州城以经毫无意义，因此只完留下一部份精英，撤离杭州，或隐居起来，或另投他处，而其他招募拉陇的叛军士兵，也就都弃之不理了。而其他被弃的士兵无人约束，又充满了绝望的情绪，只能借用杀人放火来发泄，当然也有人是想抢完一票之后跑路，结果造成了杭州大乱。这到是很有可能的事情。

不过虽然是这样想，但商毅也不敢大意，命段鹏先带一个侦察连进城，观察城中动景，是否如事所说，并且占领武林门的城楼和城门。

段鹏领军进城之后不一会儿，就派人回报，以经完全控制了武林门，城中确实一片混乱的样子，而且也没有人组织抵抗。

其实商毅在城外也看得十分清楚，有一部份商家军以经蹬上了城楼，还有一部份就守在城下，确实完全控制了武林门。于是商毅立刻下令，全军进城。

大队人马进城之后，商毅蹬上了城楼，向城中看去，城里确实是一片混乱，满街都是跑的居民，地上还躺倒了不少尸体。因此啇毅立刻下令，留下第二团的火炮营守住武林门，自己和周少桓带一个火枪营、二个侦察连和两个新兵营去占领州府衙门，剩余的一个火枪兵营和一个长枪兵营都分散成以连为单位，立刻在城中去制止叛军的暴行，将他们全部都抓到州衙来，敢反抗者一率格杀匆论。

商毅领军赶到了杭州的府衙门，这里早己以人去楼空，商家军毫不费力就打开了府衙的大门，占领了府衙。随后商毅又分派三个新兵营，分头去攻占杭州城的各个城门，不许进出。

杭州曾经是宋朝南渡之后的都城，在南宋时期，共有十三座旱门，五座水门。而南宋灭亡之后，元、明以来，杭州城已固定为十个城门。分别为东有庆春门、清泰门、望江门，南有候潮门、凤山门，西为钱塘门、清波门、涌金门，北为武林门、艮山门。都要分派兵力把守。每个城门分派一个连把守，剩下的三个连则留在府衙，准备看守俘虏。

这时叛军正在城中肆意施暴，但很快就发现，街头巷尾，出现了一队队衣甲鲜明整齐的军队，有人首先喊，命令他们放下兵器，立刻束手就擒。

叛兵当然不甘心就这么缚绑，但对方也不多和他们废话，喊了两遍不见他们有所行动，就立刻举枪射击。枪声响过之后，叛军们顿时纷纷倒地毙命，而其他的叛兵见势不妙，马上四处逃窜。当然也有一些横的叛军不服，还想冲上来动手，结果还没等他们冲到近前，就被弹丸击中倒地，就算有一部份人侥幸冲到商家军的近前，但等待着他们的，是雪亮的刺刀。

虽然商家军中还有一部是长枪兵，但商家军的长枪兵，也不是现在叛兵这样的乌合之众所能抵抗的，双方动手的结果，无一例外的都是叛军倒地身亡。

知道了商家军的厉害之后，叛兵也不敢反抗，有小部份趁乱逃跑，躲藏了起来，绝大部份都扔掉了武器，举手投降，被押到府衙前的大广场看押。

到了响午过后，在商家军雷厉风行的打击之下，杭州城里的动乱以经基本平定了下来，随后在商家军的组织指挥下，又去扑灭了城中的火势，好在叛军并不是诚心要放火烧城，因此火势并不大，到接近黄昏的时候，终亍都灭了。虽然还是有不少房屋被烧毁，而且死伤了不少居民，但就整个城市来说，损失并不算大，比起被张献忠焚为一炉的武昌来说，根本就不算什么。

而商毅终于也松了一口气，这杭州总算是拿下来了。立刻又命令城外的士兵押着俘虏开拔进城，同时又清理城中的尸体残籍。

在城中被商家军打死的叛兵有一千五百多人，而衼抓到府衙前看押的叛兵，却有近两千余人。城中百姓死伤了近四千余人，民房被烧毁了六十余间，另有二百多间店辅被砸被抢，五千多名百姓受伤。因此在这天夜里，整个杭州城里到处都可以听到哭声，情景也颇为凄惨。