犹太教、基督教和伊斯兰教，分别根据自己的宗教传说，都奉该城为圣地。自从公元前10世纪，所罗门圣殿在耶路撒冷建成，耶路撒冷一直是犹太教信仰的中心和最神圣的城市，同样基督徒也相当重视耶路撒冷，因为根据《圣经》记载，这里是耶稣受难、埋葬、复活、升天的地点。伊斯兰教也将耶路撒冷列为麦加、麦地那之后的第三圣地，以纪念穆罕默德的夜行登霄，并在圣殿山上建造了两座清真寺这一圣事。

大约在公元前1000年，大卫王率领犹太人征服了该城，并向南扩建了城市，定都于此，他把约柜迁到耶路撒冷，并为约柜建立会幕，他还想进一步建造圣殿，却被耶和华的先知拿单所阻止。

大卫王的统治结束于前970年，他的儿子所罗门继承了王位。在《圣经·列王纪上》第五章至第六章记载，所罗门在即位后第四年开始，花费七年时间在城内建造了第一座圣殿。

所罗门圣殿所在的地方是最后确知的约柜所在的地方，后来在犹太人历史中一直具有重要地位，也是犹太人崇拜的焦点。这座圣殿采用来自推罗的岩石及香柏建造，成为当地最重要的礼拜地，并取代了其他地方的祭坛。到“第一圣殿期”末，这座圣殿成为全国唯一的宗教场所和朝圣的中心。

公元前722年，亚述征服了北方的以色列王国。公元前597年，巴比伦国王尼布甲尼撒二世攻破耶路撒冷，年轻的国王约雅斤和大多数贵族均被掳到巴比伦囚禁。在西底家的领导下，耶路撒冷反抗巴比伦的占领，公元前586年，尼布甲尼撒二世占领并摧毁这座城市，城墙被毁，圣殿被焚，圣殿中大批的金银器皿则被带到巴比伦。

公元前538年，波斯帝国居鲁士大帝灭亡巴比伦，允许犹太人回到犹太地重建耶路撒冷圣殿，圣殿重建工程在公元前516年，也就是第一圣殿被毁70年后完成。

接着，尼希米又重新修建耶路撒冷城墙，使城市又恢复了繁荣。此后600年间，犹太地先后是波斯、希腊和罗马的一个省份，耶路撒冷则是犹太省的首府。

在罗马统治的前期，曾委任代理王大希律王进行统治。大希律王在位时扩建了圣殿。公元6年，犹太地直接归属罗马统治。

公元70年，一次反抗罗马的起义失败后，罗马军队拆毁了圣殿。犹太人再次起义，最后在135年，罗马皇帝哈德良派兵包围并夺取了该市，作为惩罚措施，他下令在希伯来历埃波月九日，即耶路撒冷遭巴比伦和罗马军兵两次攻陷的周年记念日，将耶路撒冷彻底铲平，在原址新建罗马城市爱利亚加比多连，圣殿山上另建罗马神庙，同时将所有犹太人赶出巴勒斯坦，禁止犹太人在耶路撒冷居住。

此后的5个世纪中，该市一直在罗马帝国和拜占庭帝国的统治之下。4世纪，罗马帝国皇帝君士坦丁一世控制该市期间，耶路撒冷变成了一个基督教中心，建造了圣墓教堂。

当时，虽然仍然禁止犹太人居住耶路撒冷，但他们已经开始在每年的埃波月九日来到西墙前哭泣。在罗马帝国分裂后的拜占庭帝国统治下，这座城市在基督教势力中得到了很好的保护。当时在宗教方面相对宽容，从5世纪开始，犹太人重新被允许住在耶路撒冷。

当来自半岛的游牧民族崛起之后，阿拉伯帝国的第一个征服目标就是耶路撒冷。虽然《古兰经》中从未提到过耶路撒冷，但伊斯兰传统认为，先知穆罕默德是在耶路撒冷升天，接受《古兰经》的。

已经走向衰落的拜占庭帝国，没能挡住阿拉伯的铁骑弯刀，这座圣城最终沦于阿拉伯人的手中。

在历史上，关于耶路撒冷的争夺，从来都没有停止过，这座城市，也成为东西方碰撞的焦点。

历史上的公元1099年，第一次十字军东征，包围了耶路撒冷，一个多月后，耶路撒冷被十字军攻占，十字军进城后，屠杀了城内大多数穆斯林和犹太人。十字军在这里建立了耶路撒冷王国，穆斯林不准入城。

但是在公元1187年，埃及穆斯林君主萨拉丁又重新占领了耶路撒冷。1219年，大马士革的苏丹下令将城墙销毁，1228年，神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世组织了第六次十字军东征，通过与埃及签定条约，得到耶路撒冷。1239年，他开始重建城墙，但不久它们又被拆毁。1243年，基督徒再次占领耶路撒冷，又重建城墙。1244年，被蒙古亡国的花剌子模在逃亡途中占领耶路撒冷，教皇英诺森四世发动第七次十字军，但无法夺回耶路撒冷。1247年，花剌子模被埃及人驱逐，1260年，埃及奴隶骑兵夺取该城，耶路撒冷的犹太人不得不逃到周围的村庄避难。1482年，一个来此访问的多明我会教士说耶路撒冷是一个“几个不同的民族生活在此的城市，它是所有罪恶的集合”。作为罪恶他列举了撒拉逊人、希腊人、叙利亚人、东正教徒、景教徒、亚美尼亚人、格鲁吉亚人、玛洛尼教徒、贝督因人、刺客、回教徒和“最可憎的”犹太人。只有罗马天主教徒“在他们心中盼望基督王子的到来，来将所有的国家纳入罗马教会的统治下。”

1517年，奥斯曼帝国占领耶路撒冷，他们控制该市，直到20世纪。这时，耶路撒冷重新开始繁荣，城墙和老城也被重建，城内任何宗教都可以存在，但奥斯曼帝国后来的无能统治机构使耶路撒冷的经济陷入了缓慢的衰退。