拥有可靠的军队、政治稳定和丰富的农矿业财富，国家的人口、艺术和宗教繁荣起来。与大力推崇神灵的古王国形成鲜明对比，中王国时期经历了一种被称为“民主化”的“个人的虔诚”的增长，依据这种信仰据说所有人都能支配一个灵魂并能在死后陪伴神灵。

中王国文学的特点是诡辩的主题和自信而雄辩的人物风格。浮雕和肖像雕塑艺术精湛，细节上尽善尽美，达到了新的技术高度。

中王国的最后一位有为之主，阿蒙涅姆赫特三世，允许亚洲移民进入三角洲地区以为他的采矿业和水利工程提供充足的劳动力。但这些充满雄心的水利工程和采矿活动，与他统治后期尼罗河泛滥不足联系起来，透支了经济，加速了国家衰落，最终在公元前14世纪和公元前13世纪进入“第二中间期”。这次衰落期间，外来的亚洲移民开始控制三角洲地区，甚至建立了希克索斯王朝。

如同世界上其他国家一样，稳定总是和动乱是互相交替。各省分权势力和其他历史上至今仍然不明的势力，毁灭了从第十二王朝传续下来的底比斯政权，埃及分裂成许多的诸侯国。

约公元前1650年，中王国衰落，居住于三角洲东部城市阿瓦瑞斯的亚洲移民随之夺取了这一地区，并逼迫中央政府迁往底比斯。在那里，法老们成了附庸，称臣纳贡。希克索斯们效仿埃及统治模式，也将自己描绘为法老，把埃及要素融入到他们的青铜时代文明中。希克索斯人在侵略埃及的同时，带来了西亚军事技术，对埃及产生了重要影响。

南迁后，底比斯的国王们发现自己被夹在北方的希克索斯王朝和它的努比亚盟友，南方的古什之间，100多年在沉闷和不作为中度过。到公元前1555年，底比斯的军队终于强大到可以挑战希克索斯王朝。冲突持续了30多年，法老陶二世和卡摩斯最终打败了努比亚人。卡摩斯的继任，雅赫摩斯一世成功地在一系列战役中让希克索斯王朝永久地退出埃及的历史舞台。之后的新王国时期，军队成了优先考虑的核心问题，法老们籍此扩张埃及的疆界，维护他们在近东的优势。

新王国时期，新王国的法老们通过维护边境安全和加强与邻国的外交确立了一个空前繁荣的时代。图特摩斯一世和他的孙子图特摩斯三世时的军事征服让埃及的势力扩张到叙利亚和努比亚，巩固了人民的忠诚，打通了急需的铜和木材的进口通道。

新王国的法老们推崇太阳神阿蒙，开始大兴土木，对它的崇拜的基点是卡纳克神庙。法老们还修建了一些纪念碑为自己的成就增色。

两位法老之间上台的是女法老哈特谢普苏特，她通过宣传使自己的权力诉求合法化，她统治时期的特点是停止对外战争，派遣商业探险队联络庞特，开展与邻国的贸易，以及修建了位于卡纳克的典雅的停灵庙，一对巨型方尖石塔，一个小礼拜堂。尽管取得很大的成就，但在她死后，她的过继外甥图特摩斯三世大量毁掉刻有她名字和形象的塑像，希望抹去这位篡位的母后的统治痕迹。

约公元前1350年，阿蒙霍特普四世出人意料地登上王位，开始了一系列激进且无秩序的改革，威胁到新王国的稳定。他改名埃赫那顿，将以前不起眼的太阳神阿吞吹捧为最高的神，禁止对其他神的崇拜，打击了僧侣集团的权势，还将首都迁往新城埃赫塔顿。

他对外国事务置若罔闻，全神贯注于他的新型宗教和艺术风格。在他死后，对阿托恩的崇拜很快被禁止，首都迁回了底比斯。后来的法老图坦卡蒙，伊特努特·阿伊，哈伦海布迅速抹去了阿孟和蒂四世的所有记载，这段短暂的时期被称为阿马尔那时代。

第十八王朝结束于最后三位法老图坦卡蒙、伊特努特·阿伊、哈伦海布，他们死后都没有后裔。18岁的拉美西斯二世，或称拉美西斯大帝，于公元前1279年继承王位，他是埃及历史上修建神庙、树立方尖石塔、生育子女最多的法老。

大胆的军事领袖，拉美西斯二世率军抵抗赫梯的入侵，双方在卡迭石战役中死伤惨重，最终在约公元前1258年缔结了有史以来第一份被记载的和约。埃及的财富让它成为侵略者，尤其是利比亚人和“海洋民族”垂涎的目标。起初军队还能抵御这些侵略，但埃及最终失去了叙利亚和巴勒斯坦。外患在腐败、盗墓贼、动乱等内部问题辅助作用下急剧恶化。底比斯的阿蒙神殿大祭司们聚敛了大量土地和财富，他们势力的膨胀在第三中间期分裂了国家。

第三中间期，公元前1078年，拉美西斯十一世去世，斯蒙迪斯一世取得埃及北方的统治权。南方则在底比斯阿蒙神庙的大祭司的有效统治下，后者仅在名义上承认斯蒙迪斯的权威。这一时期，利比亚人已经在三角洲西部地区定居，移民的首领们开始逐步取得自治权。公元前945年，利比亚王子舍顺克一世控制了三角洲地区，建立了所谓“利比亚王朝”或“布巴斯提斯王朝”，即第二十一王朝，持续200多年。舍顺克也通过将自己的家族成员安置在重要僧侣位置上控制了埃及南方。利比亚统治腐朽的同时，它在三角洲地区的对手开始在利安托波力斯兴起，库施威胁于南。约公元前727年，库施国王皮耶侵入北方，占领了底比斯，并最终占领了三角洲地区。

到第三中间期结束时，埃及原本深远的影响力大打折扣。它的外国盟友沦为亚述的势力范围，到公元前700年两国间的战争终于不可避免。公元前671年到公元前667年，亚述人开始攻击埃及，遭遇塔哈尔卡和他的继任坦沃塔玛尼坚决抵抗，埃及赢得了几次胜利。但最终，亚述人将库施人赶回努比亚，占领孟斐斯，洗劫了底比斯神庙。

亚述人没有长期占领埃及的打算，统治权落入二十六王朝一系列称为“赛特王”的诸侯手中。到公元前653年，赛特王普萨美提克一世借助唯利是图的希腊雇佣军，驱逐了亚述人，并在希腊人的帮助下建立了埃及的第一支海军。希腊的在埃及影响急剧膨胀，三角洲地区的城市纳奥克拉提斯成了希腊人的家园。建都塞易斯的赛特王们见证了这次短暂而充满生气的经济文化复兴。然而好景不长，公元前525年，强大的波斯帝国在冈比西斯二世率领下开始了对埃及的征服，最终在贝鲁西亚之战中抓获了法老普萨美提克三世。冈比西斯二世于是采用法老称号，但却在远在苏萨的家中统治，将埃及划为总督区。公元前5世纪有几次较成功的反抗波斯的起义，但埃及从未能永久地驱逐波斯人。