1900年1月10日，罗伯茨和基钦纳抵达开普敦。他们带来了本土的第七军、来自澳大利亚、新西兰和加拿大的增援部队，以及驻印度和锡兰的三个骑兵分队。到1900年1月，南非战场上的英军增至18万，3月再增至22到25万人，居于绝对优势。此外，还有几千匹军马从英国和澳大利亚运抵南非，增加了英军的机动性。

在权衡了战场局势之后，罗伯茨改变了战略，将主攻方向从纳塔尔西移到中路兵力较弱的奥兰治地区，同时改变刻板的正面强攻战术，采取迂回夹击的策略。西线方向，英军击败布军最凶猛的“黑将军”皮埃特·克龙耶指挥的民团，于2月16日解放被围困数月之久的金伯利。东线英军于2月27日发动攻势，3月3日在多得雷赫特打败了布尔人，终于得以解莱迪斯史密斯之围。

消灭了最强悍的克龙耶对其左翼的威胁之后，罗伯茨将主攻兵力转回奥兰治，稳步向北挺进，布军接连失败。3月10日，英军第六师和第七师在亚伯拉罕牛栏击败了布军装备最精良的约翰内斯堡警察部队。3月12日，奥兰治自由邦总统马蒂乌斯·斯泰因带领政府和国会官员逃出首都布隆方丹，逃往北方的克龙斯塔德。3月13日下午，英军开入布隆方丹。

1900年5月24日，米尔纳勋爵在布隆方丹宣布英国兼并奥兰治自由邦。吞并奥兰治之后，英军加紧向德兰士瓦进攻。1900年9月1日，罗伯茨宣布英国兼并德兰士瓦，并宣称战争结束。

然而英国人的战争却并没有就此结束，布尔人很快就将战争引入了第三阶段游击战。

攻占比勒陀利亚之后，罗伯茨的4万部队在原地休整。但英军从开普敦到比勒陀利亚的漫长补给线受到了仍在抵抗的布尔人的袭击。此时德兰士瓦和奥兰治的主要城市和铁路线已经被全部占领，布军开始转入游击战。

退出城市的布尔军队此时已经化整为零，组成多股游击队。布尔人的游击队在德韦特、德拉瑞、博塔、扬·史末资和詹姆斯·赫尔佐格等人的领导下，发挥野战骑射之长，袭击英军交通线，掠取英军给养，歼灭小股英军。

1900年12月至1901年4月，布尔游击队在博塔和德韦特的指挥下深入英属开普殖民地作战。1901年4月到9月的冬季战役中，布军游击队对德兰士瓦和奥兰治的英军发动多次偷袭，并屡屡得手，俘获大量军火、给养和大炮。

1901年9月至1902年5月，史末资和赫尔佐格再次进入开普殖民地。他们率领5000名骑兵，分成若干小股游击队，奔袭千里，深入英军大后方，一直推进到大西洋沿岸和开普敦近郊，迫使英国在开普地区宣布戒严。

为了早日结束战争，从1901年3月开始，基钦纳采取碉堡战术、焦土政策和设置集中营来对付布尔人的游击队。在布尔游击队活动的地区，英军架设铁丝网，将布尔共和国分割成若干绥靖区域，进行分区扫荡。铁丝网的总长度达6000公里。绥靖区内每隔1至2公里设一座木板碉堡，派士兵驻守，凡是有人走近碉堡射程，一律射杀。共设置了八千多座碉堡。在这些绥靖地区内，凡发现布尔农场主帮助游击队，则周围10英里内的农场、房舍一律烧毁。此外，基钦纳还一改以往对战俘的宽大政策，投降、被俘的游击队成员，以及参加过游击队的成年男性公民，一律流放到遥远的印度、锡兰和百慕大战俘营。在开普殖民地和纳塔尔殖民地，凡有响应“拿起武器”的号召的荷裔英国公民，一旦被俘皆判处死刑。

为了彻底消灭游击队的活动基础，基钦纳下令先后将136万名布尔人妇女，儿童和老人以及八万多黑人仆役统统从被焚毁的农场上抓走，用敞蓬货车或牛车运到一起，关进集中营。

集中营的高死亡率严重动摇了布尔军人的士气，同时也使英国人的形象在全世界面前一落千丈。

布尔战争旷日持久，双方精疲力尽，欧洲各国对英国的抨击和指责也日益激烈。1901年2月，基钦纳已经开始和路易·博塔进行秘密谈判。

到1902年5月为止，英军已经在南非靡耗战争费用两亿两千万英镑，死亡两万一千多人。布尔人的作战能力也在迅速下降，兵力从最高时期的88000人减少到22000人，由于得不到补给，民团士兵营养不良、衣衫褴褛，士气沮丧。他们的粮秣弹药已经耗尽，只能依赖战利品为生。

1902年，英布双方开始正式举行和谈。5月31日，英布双方在弗里尼欣正式签订和约。持续31个月的英布战争宣告结束。

布尔战争中，英国先后动员了45万军队，其中256万为英国正规军，109万为英国志愿军，53万为南非英国殖民地军队，31万来自加拿大、澳大利亚和新西兰。英国通过海路运到南非的军队前后共计38万，此外还运送了35万匹马、10万匹骡子，134万吨军事装备和其他物资，先后动用了1027艘舰船。参加战争的英国、澳大利亚、新西兰和加拿大部队共有1072名军官和20870名士兵阵亡。

在英布战争之后，英国将南部非洲的殖民地连成一片，控制了通向非洲腹地大湖区的走廊。好望角地区以广袤的南非内地为依托，成为英属海外帝国最重要的前哨基地之一。经济方面，随着世界上最大的兰德金矿被英国把持，英国得以控制全球经济命脉。来自南非的黄金使得伦敦迅速成为全球金融业和黄金交易的中心。