太宗方才醒悟，于是就加封于志宁散骑常侍、太子左庶子、黎阳县公。

是时，群臣请太宗将十六国时的西凉武昭王李暠立为始祖，于志宁以李暠并非因袭王业为由，陈述理由，表示反对，太宗深是其言。有一次，太宗欲诏封功臣世袭刺史，于志宁认为这种作法后患无穷，非长久之计，太宗从其言。

后于志宁母亲去世后，准备回家奔丧，上表辞官，太宗夺情劝道：“自古忠孝不能两全，为亲守丧固然重要，但为国教诲太子更为迫切，请你三思而行。”志宁只得奉旨行事，未因私情而偏公务。

李承乾登基之后，被提升为尚书右仆射，太子少师，褚遂良去职还乡之后，升任尚书令，在朝中可谓一人之上，万人之下。

在原本的历史上，太子李承乾屡有过恶，于志宁不时进谏，教其从善，并上《谏苑》以讽，不为所纳，于志宁便向太宗直奏其行。太宗甚为高兴，赐黄金10斤、绢300匹。

李承乾在历史上曾于农忙季节大兴土木建造曲室，数日不来受教，于志宁规谏说：“东宫本是隋代营建，豪华至极，怎能又营修彩饰呢？何况参与修建的工匠多是犯法囚徒，往来出入宫门，多不安全。又闻宫中鼓乐之声不断，狎昵妓女并留宿于宫中，传到外面影响多不好！我多次教诲，你为何不想一想？”

李承乾不但不听劝告，而且还任用了许多宦官，一同作乐。

于志宁又劝谏说：“宦官多是奸佞之辈，仗势欺人，混乱宫廷，假传旨意为祸福，你不想想伊戾败宋、易牙乱齐、赵高亡秦、张让倾汉的惨痛教训吗？今殿下前后左右尽用佞人，轻视有品格的贵士。品命失序，纲纪不立，连行路之人都觉得奇怪。”

李承乾不悦，又私引突厥头人，一起戏游，于志宁无法管教，上书太宗。李承乾闻悉后大怒，遣张师政、纥干承基去刺杀于志宁，二人入其宅，见于志宁忧心如焚、积劳过度、面容憔悴，不忍下手而离去。

李承乾被废后，东宫属官都被问罪，只有于志宁受到太宗皇帝表彰。李治被立为皇太子之后，于志宁再任太子左庶子。

太宗皇帝驾崩，李治继位为高宗，于志宁任侍中，后加光禄大夫之位，进封燕国公，兼太子少师。后又转为太子太傅。公元659年，任太子太师、同中书门下三品。

时凤翔降陨石，高宗问其吉凶，志宁解释说，这是自然现象，与人事无关，高宗才释去了心中的疑惑。不久，封志宁为太傅。

于志宁任职期间，曾先后预修《隋书》、《大唐仪礼》、《留本司行格》、《周易正义》、《尚书正义》、《本草》。

当高宗欲废王皇后，立武则天为皇后时，于志宁态度暧昧，武后憎恶于志宁不趋附自己，免去其职，被贬出京城，降为荣州刺史。

此间，于氏族人恐有灭门之罪，离开于家庄，避居在于潜川、于家嘴等偏远地带避祸。唐高宗麟德元年，转华州刺史，旋即年老告退，死于老家，时年78岁。朝廷赠幽州都督，谥曰定。唐高宗上元三年，又追封光禄大夫、太子太师。

于志宁知识渊博，秉性刚直，曾为朝廷撰令律，修礼典，编史志，并与司李世绩修定本草并图54篇，其他文集20卷。

于志宁之子立政为太仆侍少卿，孙辈无人入官。曾孙于休烈进士及第，官至国子监祭酒、工部侍郎、散骑常侍、太常卿、工部尚书等职，封爵东海郡公，赠尚书右仆射。其二子于益、于肃，相继为翰林学士。