持统天皇统治期间，高市皇子是太政大臣。高市皇子尽管母亲的身份低微，但是在壬申之乱战功卓著，据推测在政务方面也积累了声望。高市皇子即使不是正式的皇太子，也是被众人拥护的皇位继承人的有力候补。

高市皇子在持统天皇十年去世。据《怀风藻》的记载，这时关于持统天皇之后的继承人问题，持统天皇招集皇族、臣下商议，很多主张应该由天武天皇其他儿子继承皇位，但持统天皇意图让自己的孙子轻皇子继承，随着葛野王对众人一声大喝，出了结果，持统天皇十一年，正式册立轻皇子为皇太子。

持统天皇十一年，让位于15岁的轻皇子，即文武天皇。日本史上，持统天皇是在世的天皇中继皇极天皇之后第二个让位的，并且是第一个太上天皇。

持统上皇让位后仍与文武天皇并座，处理政务。文武天皇时代最大的政绩是大宝律令的制定、施行，也被认为是持统上皇的意志。但是，代替壬申之乱功臣的藤原不比等这些倾倒于大唐文化年轻人才崛起，持统朝受到打压的刑部亲王复出政坛，所以也有学者认为文武朝有了变化，不完全是持统上皇的意志所主导。

文武天皇二年，持统上皇病发，去世后经一年的殡礼后火葬，骨灰合葬于天武天皇之墓，这次是天皇火葬的首例。

总的来说，持统天皇在日本历史上，是个很有特色的女性天皇，与其他女帝常常由别人代行执政不同，持统天皇统治期间的政策完全是由持统天皇亲自推行的。持统天皇不是政治上的装饰品，而是有执政能力的实质的统治者。

《日本书纪》记载持统天皇辅佐天武天皇平定天下，在政治的各个方面献言献策。退位于文武天皇后仍与文武天皇并座，处理政务。持统天皇对政治的干预不仅限于其在位期间。持统天皇和天武天皇一起，被和歌歌颂为“大君是天神降世”，天皇权力强化路线达到了最高点。

作为政治家的持统天皇的作用和动机，通常的看法是持统天皇要在天武天皇之后，由其子草壁皇子、孙轻皇子继承皇位。持统天皇希望草壁皇子被立为天武天皇的继承人，说服天武天皇册立草壁皇子为皇太子，在天武天皇死后，又排除了草壁皇子的潜在皇位竞争者大津皇子。持统天皇计划在天武天皇的葬礼结束之后，就让草壁皇子即位，但草壁皇子在计划实现前就去世，不得已只能由自己亲自即位。但远山美都男认为，持统天皇并不是只打算做一个政权过渡人物，而是要作为君主行使实质性政治权力。持统天皇从一开始，就以皇位为目标，拥有政治上的野心。

以持统天皇积极进取的性格和优秀的能力为前提，有很多谋略被认为是持统天皇所筹划。壬申之乱，通常的看法是由她协助大海人皇子发动，甚至有人认为她就是壬申之乱的首谋。

这样的一个女人，即便是放在华夏，那也是武则天一类的人物，有心计，有胆识，有谋略，最重要的是有野心。

天武天皇对凡海氏皇后也十分倚重，见是她来了，禁皱的眉头才稍稍松开了些：“皇后！唐国不肯言和，皇国危在旦夕，朕岂能不忧虑啊！”

凡海氏皇后闻言，道：“阿毕麻吕大人不是说已经说动了几个豪族番主出兵，抵御唐军了吗？只要有人能响应陛下的号召，那么其他的豪族也就不能在坐视不理了，不然的话，他们手下的那些小豪族就会反对他们，陛下！事情不是已经有了转机吗？您为何还要如此忧虑！”

天武天皇面陈似水，愁眉苦脸道：“兵是有了，可是没有军饷，又能如何，到时候军队因为粮草不济，发生哗变，事情只怕会变得更糟糕！”

凡海氏皇后闻言，也是一阵皱眉，道：“难道就没有别的办法了吗？”

天武天皇嘴里发苦，道：“村国男依倒是想出了一个法子！”

凡海氏皇后忙问道：“是什么办法？”