藤原京，也就是倭国都城飞鸟，大和三山环绕之间，位于后世的橿原市醍醐町，其中心是藤原宫，那里有天皇居住和处理国政的大极殿、里居以及各役所，根据阴阳师的建议，藤原京选址是很有讲究的。即东青龙香具山、西白虎亩傍山、北玄武耳成山、南朱雀吉野山，处于四神守护之中，占地东西约千米，南北约九百米。共有十二条大路，东西以朱雀大路为中心分为左右两京。

朱雀大路是飞鸟城内最为宽广的道路，达十九米，西侧有侧沟用以排水。路尽头就是朱雀门，由此往南便是知名的罗生门。大路之间有小路相通，大路和小路一起围成町，是分割宅地的基本单位。因为盆地容易积水，所以藤原京条坊制的道路都有侧沟以便排水。

后世有的专家学者认为，在此范围之外尚有藤原宫时代的道路遗迹，所以京城的范围应该非常之大，即所谓的“大藤原京说”。

飞鸟城的周围由高达五米，且有瓦的堀立柱塀所包围，塀两侧分别有宽五米的外濠和宽三米的内濠，修筑高大的堀立柱塀是继承了飞鸟宫的传统，每面塀都有三座大门，这样一来藤原宫四周共有十二座门。

南面中央的就是正通朝集殿院的“朱雀门”，其他门的名称则取自负责宫廷守护的氏族，如“猪使门”、“海犬养门”等。

中央建筑大极殿是一座盖有瓦并涂成红色的建筑物，是此时倭国最大的建筑。大极殿前，就是举行仪式时，贵族、役人们聚集的朝堂院，共有十二栋役所，按役人的官位高低整齐排列。

大极殿后面就是被称为里居的天皇居所，是用桧木建的堀立柱建筑，“大极殿”、“朝堂院”与“里居”，三者轴心位于南北一条直线上。

藤原京的“藤原”与平安时代的“藤原”是两回事，后者是十世纪至十一世纪前半叶的掌权氏族，距离藤原京建成已有两百多年。在这两百年间，都城多次搬迁，曾先后以平城京、恭仁京、难波宫、紫香乐宫、长冈京、平安京为都。

藤原京自建成之日开始，都城的范围不断增大，这是受到大唐长安城的影响，因为巨大繁华的长安城是此时世界上最大的都市，它的宏伟令那些曾到过长安的倭人深为震惊，并乐于模仿。

最早用瓦的建筑物是公元588年开始建造的飞鸟寺，最早用瓦的宫殿则是藤原宫。在建造藤原京的宫殿时，曾经打算用瓦，但未能实现。宫殿不同于寺院，占地面积要大得多，需要大量的瓦，而且要在较短的时间内盖好，以此时倭国的生产力水平来说的确很难。

只有开发制瓦技术，组织大规模生产才能做出大量的瓦来。据后世推算，藤原宫所用的瓦超过了200万块。

宫殿是利用人工运河来修筑的，用运河运输材料省时省力，在宫殿建好后就用挖出来的泥土和废弃材料将运河填平，这的确是一举两得的好办法。

通过后世考古发掘，在运河中发现了木简，上面记载的时间是皇极天皇时代，这证明藤原宫在皇极天皇时代就已动工建设，据《日本书纪》记载，应该是在皇极天皇继位的第二年，便选址动工，与发现的木简上的时间相吻合。

但是，直到天武天皇死，仍未能建成，工程曾一度中断。天武天皇的妻子即位成为持统天皇后，继承亡夫的心愿，于数年后开始继续修建。削平山头、填平低谷，以当时的生产力水平来说，这实在是件庞大的土木工程。

在定都藤原京以来，倭国政府对宅地的划分就已经有了明确的规定。右大臣等高官贵族可以拥有四町土地，担任政府高官的贵族占地一至两町，中、下级役人、庶民按家族人数、纳税额的多少分给一町、二分之一町、四分之一町不等的土地。按此时倭国的等级制度规定，中、下级役人、庶民最少可以分得四分之一町的土地。

由于宫殿占地面积很大，所以宫殿附近的地方相对来说狭窄的宅地较多，容易自成一家，于是享有特权的贵族往往选择在此居住。

根据后世的考证，藤原京大约有贵族、役人、庶民和僧侣等两三万人居住，倭国政府也学着大唐模样，在城中设立市场“东市”和“西市”。