在随后的半个时辰里，薛家军轰掉了十几个土台，清军死伤数百人，还报销了好几门红衣大炮，孔有德、耿仲明、尚可喜率领的清军炮兵受不了了，纷纷逃出了薛家军火炮的射程，直到天黑薛家军炮兵炸塌了三十多个土炮台。

第二天天刚刚亮，薛家军炮兵借着黎明的阳光，就开始炮击清军有红衣大炮的土炮台，还没有来得及攻击旅顺城的清军炮台，被薛家军炮兵的炮火一一摧毁，开玩笑，在海里打活目标都没有问题，何况陆地上一动不动的土炮台。

皇太极辛辛苦苦经营了好几年的炮兵，拉出来还没有打第一仗，就被薛家军的火炮揍得落花流水，说到底还是大清国仿造的红衣大炮射程不足，不能对抗薛家军正宗的佛郎机大炮，等了十几天的大清炮兵排不上多大的用场。

皇太极以火炮对火炮的策略失败后，只好对旅顺城采取长期围困，不过这个计划并没有执行多久，四月十三日，薛家军海军第一第三舰队抵达旅顺港外海，在北海舰队的配合下，歼灭了满清水师大小战船三百余艘，建虏皇太极对旅顺薛家军的包围计划彻底失败了。

薛家军从台湾一次给旅顺方面补充了一万士兵，其中还有两千火枪兵，这使得旅顺薛家军的实力倍增，旅顺薛家军可是频频主动出击，不断消灭清军的有生力量，道三月底清军伤亡了八千多人。

被病魔缠身的皇太极彻底放弃了消灭旅顺薛家军的想法，于崇祯十年五月初三日，放火烧毁水军战舰六百多多，率领满汉蒙十万大军北返盛京，薛家军和清军旅顺之战结束，朝鲜军急忙退回鸭绿江东岸，盘踞义州一带与薛家军隔江对持。

崇祯十年六月初二日，薛家军第一第三舰队抵达仁川港，谴责朝鲜国助纣为虐进攻旅顺薛家军，要求朝鲜大王李倧断绝跟建虏的关系，派使者去杭州纳贡认罪哪知道朝鲜国做出鸵鸟模样，拒不理会薛家军海军的通牒，薛家军第一第三舰队在仁川港等候三天没有得到任何答复。

怒急之下的刘奔下令火焚仁川港，仁川港的三千多条舰船被付之一炬，大火烧了三天三夜才熄灭，这次的大火使得朝鲜国最后的一点水上力量损失怡尽，在之后的几年时间里，朝鲜国基本上失去了对朝鲜海域的控制，成了地地道道的陆上国家。

台湾内府王总管（薛庄王秀才），建议燕三娘让朝鲜光海君李珲复位，再不济也要把朝鲜割裂成两个国家，这个想法遭到台湾长史楚翊反对，长史楚翊认为朝鲜是边角之争，只要中原大局一定，朝鲜只要一纸诏书就可以摆平。

燕三娘也觉得大明的事情更棘手，无暇支持光海君李珲出兵朝鲜，让杭州海商调整方向，加强安南、日本这些新兴地区的贸易，这让杭州海商的利润大受影响，不过海上贸易就是这样，只有赚进腰包里的钱才是自己的钱。

崇祯九年清军入关，连破京畿十余城，崇祯皇帝朱由检急调卢象升率军驰援，中原农民军的压力减轻。苦苦支撑的张献忠乘机复起，联合罗汝才等部二十余万人，沿江东进，分散活动于蕲州、霍山一带，加上薛家军冒名的“闻香教”“奉天正义大将军”所部，整个湖北、河南、安徽民变军又活跃起来。

崇祯十年四月，崇祯皇帝任命熊文灿为五省总理，并增派京营禁军助战，用兵部尚书内阁大学士杨嗣昌的“四正”、“六隅”、“十面张网”围剿战略，张献忠的队伍遭受了巨大的困难。张献忠在进袭南阳的战斗中被左良玉部击败，本人也受了伤，幸被义子孙可望力救脱险，遂带部队退居谷城，为了保存实力，张献忠在谷城向五省总理熊文灿。

张献忠重金收买了熊文灿和他身边的人，受招抚后张献忠没有接受改编和调遣，不接受官衔，保持了独立性。他把四万人的部队分布在总部谷城的四郊，分四营，各设一员大将率领。在休整期间，集草屯粮，打造军器，招兵买马，训练士卒，等待时机准备东山再起。

刘国能、张天琳、罗汝才等农民军首领先后受抚，使得名不见经传的王长老所部成了湖北、陕西官军重点照顾的对象，湖北勋阳官军北上，陕西西安官军南下，在商洛山大败王长老的明教教军，杨护法在向北突围时阵亡。

王长老部两万多军民剩下不足万人，照顾商洛山根据地被摧毁，北去米脂高家军寨以无可能，王长老率部强渡黄河，进入河南河南府，摆脱了湖北、陕西官军，却被左良玉部迎头痛击，八千人马只剩下不到三千人，老营的辎重妇孺丢了个干干净净。

王长老以郎铁柱为先锋，一路流动作战奔向北直隶，准备去那里寻找明教的力量，哪知道在开封府连遭官军堵截，队伍减员非常严重，崇祯十年八月逃至北直隶大名府边境时，王长老所部已不足一千人。