这时大明朝也有一件喜事，就是陕西巡抚孙传庭在崇祯九年七月，陕西子午谷的黑水峪之战中打了起义军中势力最强的高迎祥部，并俘虏了闯王高迎祥，崇祯得知高迎祥被俘的消息非常高兴，命令陕西巡抚孙传庭将高迎祥押往北京，并举行了的献俘仪式，仪式之后闯王高迎祥被凌迟处死。

原来崇祯九年正月，农民军闯王高迎祥、闯将李自成率部东围庐州，取含山、和州；农民军连营数十里攻滁州，被右副都御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升率领边兵总兵祖宽、游击罗岱等败于城东五里桥，农民军战不利，连营俱溃，北退五十里，被斩一千二百余级。

之后农民军屡战屡败，从朱龙关至关山，积尸埴沟委堑，滁水为不流，农民军失利后，北渡淮河泗州、徐州，农民军损失惨重，开始分路向河南境内溃退，卢象升急速追入河南境内围剿农民军，农民军最后逃入南阳府的内乡、淅川山中，三月中旬，闯王等又纷纷杀回陕西。

卢象升急速追入河南，布置各军围剿，一时河南境内，杀声震天，血肉横飞。农民军最后逃入南阳府的内乡、淅川山中，卢象升奈何不得。至此年三月，闯王高迎祥、闯将李自成等又纷纷杀回陕西。

不久建虏皇太极派多罗武英郡王阿济格为首领等统八旗兵十万伐明，明朝大军的重心转向京畿，右副都御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升也挥师北上勤王，三月由右佥都御史顺天府府丞孙传庭替代剿贼无功的甘学阔出任了陕西巡抚，崇祯皇帝这回总算启用了一个文武全才的秦督。

孙传庭军事、经济都是行家里手，孙传庭主持陕西军务后，不断扩充自己的军力和粮饷，在西安周围屯田二万余项，从两万多官军中，选得精锐士卒一万一千人，税银、粮食都有所增加。

闯王高迎祥、闯将李自成逃回陕西后，孙传庭与洪承畴进行了工作分工，洪承畴重点对付陕北一带的闯将李自成等部，孙传庭则重点对付闯王高迎祥，高迎祥部退入陕南山区之后，由于这几年陕西、山西连年遭受旱灾、虫灾，发生大饥荒。饥民无粮，只得食树皮、草叶，树皮、草叶尽，乃人相食，甚有母烹其女以食者，闯王高迎祥在陕南山区无处觅食，人饥马乏，为摆脱困境，他决定走小路进攻西安，给官军来一个突然袭击。

谙熟兵法的孙传庭得知闯王高迎祥部突然消失，就猜到高迎祥欲效三国时蜀国大将魏延之计从子午谷出奇兵，子午谷是秦岭六条连接西南的大道中最险峻的一条，历史上多次有兵家企图偷渡，但却从来没有人成功过，孙传庭立刻做出军事部署，在闯王高迎祥部必经之路周至县黑水峪设置伏兵，准备以逸击劳歼灭闯王高迎祥部。

崇祯九年七月中旬，闯王高迎祥部果然出现在周至黑水峪，进入了孙传庭的包围圈，双方展开了四天的激战，此时天降大雨，高迎祥部已经连续多日断粮，人马处于半饥饿状态，在大战中渐渐招架不住，官军的包围圈越来越小。

关键时刻闯王高迎祥部下乾公鸡张二、一斗谷黄龙叛变。混乱中叛徒将高迎祥的部卒和坐骑拉走，高迎祥被官军包围无法脱身，只好脱下盔甲藏到草丛里，官军搜山将高迎祥生擒活捉。

孙传庭又乘胜在渭南和咸阳北原打了两个大胜仗，一时间是声誉鹊起，威名甚至盖过了总督洪承畴，高迎祥的败亡对民军起到了震摄的作用，农民军大首领张妙手、蝎子块向孙传庭投降，不久蝎子块复叛，被孙传庭安插的武大定杀死，农民军以高迎祥部实力最强的，蝎子块人数最多的，这两人都死于孙传庭之手，对农民军是一个沉重的打击。

五省总督洪承畴的运气就比较差，刚刚接手对付陕北一带的闯将李自成等部，宁夏镇士兵，因兵饷无措发生兵变，饥兵群起围攻官署。巡抚右佥都御史王楫因不能措饷，饥兵索饷无着鼓噪而杀之。

兵备副使丁启睿得都司熊大海之助率军镇压，捕获为首者七人，立即处斩，兵变才被抚定，丁启睿叙功保举熊大海为参将，熊大海与副将罗尚文击杀农民军整齐王于商洛山中，五月，副将罗尚文击杀整齐王于商洛山中。五月，熊大海配合贺人龙又于安定大败李自成部，丁启睿在熊大海身上得利不少，崇祯十一年冬，陕西巡抚孙传庭北上勤王，丁启睿升任右佥都御史，代孙传庭巡抚陕西。

李自成部在崇祯九年九月在汉中再次失利后，逃入四川、陕西、湖北的崇山峻岭，李自成收罗高迎祥旧部自称闯王，至崇祯十一年初才重回陕西。但不久李自成部在潼关一带连遭败绩，于此年八月率残部躲入川、陕、湖广省交界的山区，如果不是陕西巡抚孙传庭北上勤王，估计李自成难逃孙传庭的毒手。

闯王高迎祥、闯将李自成一死一败之后，崇祯皇帝加大了对张献忠、闻香教、建文后裔“奉天正义大元帅”部，张献忠所部遂成为潼关以东地区官军攻击的主要目标，张献忠所部转战于湖北、河南、安徽，多次打破官军围追堵截，入河南袭破许州，杀掉了左良玉的哥哥游击潘可大等人，缴获物资巨万，可是张献忠独木难支，开始跟官军媾和，准备用假招安欺骗朝廷。