在官兵的四面合围之下，镇原的义军顶不下去了，便退守东西川、铁角城、芦堡垒等地，利用险要地势拼死抵抗，并威胁庆阳，寻机突围，试图杀入平凉府，借道突入凤翔府，陕西巡抚练国事，急令固原兵备王镇奇守住各隘口，令平府守备徐如翰守住泾州各关口，防止义军外逃，总督洪承畴立即从鄜州赴庆阳指挥会战。当时，曹文诏率临洮兵，贺虎臣率宁夏兵也赶赴增援，双方在镇原之北的西澳展开激战前后数十次，义军首领杜三、杨老柴被斩杀，兵卒被杀数千人。战役以官军全胜而结束，朝廷称之为“西澳大捷”。
腾出手脚的三边总督洪承畴由北向南大局清剿陕西农民军，被赋予大权的临洮总兵曹文诏，从当了剿灭农民军的急先锋，在崇祯五年底，曹文诏率本部穷追连战连败的点灯子赵胜部，再入山西西石楼点灯子赵胜老巢，并长途奔袭了点灯子赵胜部。赵胜在匆忙中从床上爬起来，准备裸身裸体提刀迎战。被涌入官军乱刀砍死，赵胜部至此全军覆没。
三边总督洪承畴率领甘肃总兵杨嘉谟、固原总兵杨麟、延绥总兵王承恩、宁夏总兵贺虎臣等部南下攻击府谷王自用、绥德王照希等部，（御史吴甡弹劾榆林总兵杜文焕杀延川难民冒功，给事中张承诏复弹劾之，杜文焕已下狱褫职）紫金梁王自用不能抵挡，立刻败退至绥德州与王照希会合，并派人跟高桂英联系，这次官军人数多达十万，高桂英见官军势大只好固守高家军寨，对王自用是爱莫能助，王自用无奈之下只好屡战屡败，老回回马守应、混天王、蝎子块、催山虎、冲天柱、油里滑、屹烈眼、上天猴、丫头子等多逃往山西南部，王子王照希死在了乱军之中，王自用逃入了山西境内时，十余万人马只剩下一万多人。
而陕西南线的闯王高迎祥、不沾泥张存孟、闯将李自成、八大王张献忠、曹操罗汝才等二十四营义军趁着洪承畴在北方进剿，互相呼应各自为战发展力量，到洪承畴南下进剿时，以闯王高迎祥为首的二十四营义军兵力达到近三十万人，如果没有粮食限制的话，义军再翻一倍也不是问题。
三边总督洪承畴这次没有对高家军寨生事，而是迅速南下只西安府跟闯王高迎祥为首的二十四营义军作战，洪承畴采取分进合击各个击破的手段，首先把处于突出部位的不沾泥张存孟包围，三万大军一朝覆灭，不沾泥张存孟逃至陇县关山岭时，被明将都司马科所部追上，尽歼不沾泥张存孟部，不沾泥张存孟也被都司马科所杀。
由于闯王高迎祥、不沾泥张存孟、闯将李自成、八大王张献忠、曹操罗汝才等二十四营义军分散作战，被洪承畴各个击破，二十四营义军损失过半，洪承畴又派贺人龙、李卑、艾万年榆林镇官军南下，而朝廷方面也调四川石砫宣抚使扼守陕西西部，副总兵左良玉协防陕西南部，内外交困缺衣少粮的高迎祥等二十四营义军被迫突破官军包围，转进至豫西楚北，以为郧阳中心，各部来往穿插于豫楚川陕之间。
崇祯六年正月，替代王自用成为义军首领的高迎祥率部破房县、保康入四川，二月攻夔州、破大宁，为四川石砫宣抚使秦良玉所扼，高迎祥率人马返回陕西南部。六月，迎祥奇兵出太行，沿摩天岭西下抵武安，击溃明总兵左良玉军，乘胜袭取怀庆、彰德二府，径攻卫辉。七月，高迎祥与张献忠等部合兵河北。
张献忠本是王自用三十六营中战斗力最强劲的一个营，因为见罪与三十六营义军，自己独自率军征战，先后转战于陕西、山西、河南、安徽、湖北、四川等地，屡次击败官军。队伍也由几千人发展到四万多人，成为义军中最强大的一支部队。在与官军的作战中起着举足轻重的作用。
李自成率领老八队脱离不沾泥张存孟，以彪悍善战在义军里渐露头角，从崇祯五年开始，李自成依附了闯王高迎祥，成为高迎祥手下最善战的几支队伍之一，只是这时的李自成威名还远不如大名鼎鼎的八大王张献忠。
崇祯六年八月，高迎祥、张献忠等十三家义军战明将汤九州部于河南的牛尾、柳泉、猛虎村一带，这时洪承畴的大军已经进入河南追剿义军，先头部队临洮总兵曹文诏已经追上了高迎祥等十三家义军。
薛四率领四千薛家军将士，打的是浙江官军的旗帜，从闻香教的占领区直接穿过，进入河南开封府南部，在这里碰到了薛综的人马，薛综率领本部三千多人马扼守要道，不让薛四所部北进。
薛四无奈只好放弃在河南府与少夫人任如萍会合，转走南阳府去湖北武昌截击，经过此事之后，薛四对京城薛家的人再无牵挂，崇祯六年九月初一，薛四率部抵达湖北武昌，而安南峒蛮土王李征蛮还在来武昌的路上。
而尾随李征蛮的任如萍部就没有薛四这样顺利了，李征蛮部押着薛素素时而乘船时而骑马，逃到了河南河南府，李征蛮部得知后有追兵，重金贿赂了驻扎河南府的副将左良玉，左良玉贪图安南蛮人的厚利，自持兵力远胜任如萍部，在河南汝阳围歼任如萍部。
八月二十四日，左良玉纠集了附近的民军山寨武装一共八千人，在汝宁东北伏击任如萍部，当左良玉看到任如萍部都是一人双马，救感到这支人马实力不俗，不过左良玉已经箭在弦上，又贪图任如萍部甲仗马匹，于是利欲熏心的发动了进攻。
任如萍一路上的追赶也是历尽艰辛，好在任如萍江湖经验老到避开了官军、流寇好地方武装，算是逢凶化吉遇难成祥，没想到在汝宁居然有数倍于自己的官军伏击自己，任如萍被打了个措手不及。