时有一士兵强取身为山东望族，东林党干将王象春家仆的一只鸡，该士兵被“穿箭游营”，于是相好的士兵击杀了王象春家仆，事后王象春之子还不肯善罢甘休，要求官府追究孔有德的罪行，这时山东镇守李九成把孙元化给的买马银钱花尽，从塞外回来的李九成在吴桥遇到孔有德，两个人以前同是东江镇毛大帅的部将，李九成害怕孙元化追究他的耗费银钱的责任，于是乘机煽动孔有德聚众抢劫哗变。
孔有德，东江镇总兵毛文龙义子，曾经从毛文龙叫毛有德，是东江镇的一员猛将，毛文龙后为袁崇焕所杀后，其旧部由副将陈继盛统辖，不久，参将刘兴治在皮岛叛乱，杀陈继盛等十余人，登莱巡抚孙元化、总兵黄龙随即赴皮岛镇压，孙元化接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明、李九成、李应元诸将，孙元化任命孔有德被为骑兵参将。（耿仲明则被派往登州要塞驻防）
孔有德受李九成、李应元父子的煽动，在吴桥发动叛变，在山东境内连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州数城，而此前不久皮岛的东江军也发生兵变，本来就与他们不睦的东江总兵黄龙遭叛兵割去耳鼻，幸得素与孔有德的不和的东江军尚可义等部救援方得免。
孔有德率部倒戈杀回山东，山东参将陶廷鑨率数千人往御叛军于阮城店，但山东兵不堪一击，数千人马一哄而散，山东巡抚余大成惊恐万分，托疾数日不能出，等到实在不得已了，才派遣中军沈廷谕去招抚孔有德、李九成。
孔有德根本不理会余大成的招抚，直驱登州城下，登莱巡抚孙元化急令总兵官张焘率辽兵守登州城外，遗总兵官张可大发部抗击，以两路成合击之势，但张焘与孔有德有旧，交战后其兵卒随即投入孔有德行列，对张可大部反戈一击，张可大部大败。与孔有德是旧交的登州中军耿仲明、陈光福等人立即举火开门，登州便告失陷。孔有德还掳获了官兵七千人、战马三千匹、饷银十万两、红夷大炮二十余门，西洋炮三百门，杀死葡萄牙军事教官多人总兵张可上吊自尽，孙元化自杀未成被俘。
孔有德的叛军攻克登州后，一边搜罗第东江兵逃离东江镇的乱卒扩充实力，一面转而围攻另一要塞莱州。崇祯五年正月，官军集中山东、保定、天津诸镇在登莱的数万兵力野战，久不征战的关内兵一战大败，几乎形成第二个“萨尔浒”，官军败回莱州者仅有数百人，山东巡抚徐从治，莱州知府朱万年只好据城死战。
东江镇旅顺副将陈有时和广鹿岛副将毛承禄也起兵响应，该部一举发展为七八千人的大军，一度割据半个东江镇，与山东孔有德叛军南北呼应，总兵黄龙一时间居然只剩下皮岛和几个游击在那里苦苦支撑，这样被弹压下去的毛文龙旧部有开始大规模兴风作浪了。
崇祯四年十一月，林丹汗单独出兵为了用武力夺回阿鲁诸部台吉，兴师到达阿鲁科尔沁达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众，皇太极派轻骑追击时，林丹汗早已率领部众越过兴安岭而去。
崇祯五年三月，皇太极讨伐林丹汗，传令归顺大金的蒙古各部出兵，四月札鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的部长台吉会于西拉木伦河岸，总兵力达到十万之众。四月下旬，皇太极率领大军越过兴安岭，驻守都埒河，林丹汗率领十万之众来战皇太极，因为与喀尔喀三汗不和，林丹汗遭到建虏、蒙古叛军两面夹击，林丹汗军大败，西奔库赫德尔苏，经呼伦贝尔，渡黄河到达鄂尔多斯。
皇太极分兵三路穷追林丹汗一月多天，五月下旬进驻呼伦贝尔，林丹汗闻讯已南渡黄河远遁，这时皇太极才停止的追击，收拢林丹汗残部得兵数万，建虏大军回返盛京，途径宣大、张家口，盯上了逃往丰镇的林丹汗后账娜木钟所部。
娜木钟的后帐是林丹汗兵败后，就南下跟哈日珠拉银帐会合的，凭着娜木钟自己的号召力，短短一个多月时间，收拢了察哈尔南边不少部落，其中包括包括大公主夫妹，统管阿喇克绰特万户斡耳朵的乌云娜福晋，娜木钟帐下拥有了十万察哈尔牧民，控弦之士达到四万余众。
这次林丹汗出兵同皇太极交战，并没有跟大同薛家军联系，不过就是跟薛家军联系了，薛家军也不会出兵的，因为薛家军一直力主在察哈尔南线跟皇太极作战，这样薛家军可以兼顾大同镇边墙内外的事务，林丹汗狂妄自大一意孤行，选择在察哈尔北线跟建虏皇太极决战，大同薛家军顾虑朝廷阴谋诡计，对察哈尔鞭长莫及，不会陪林丹汗玩的。
娜木钟去大同城见了薛云的正妻余婉琴，双方都是明白人，现在是薛云创业之时，不会为了个人利益发生宫斗，娜木钟见余婉琴就是表明自己准备脱离林丹汗，不过余婉琴的意思林丹汗的旗帜还是要打，娜木钟就不必再回到林丹汗身边了，让夫君定了名分的女人，还跟别的男人同床共寝，作为正妻的余婉琴也是不能接受的。
林丹汗的溃败来得太快，损失的人马让他很难翻身，这样皇太极消除了建虏在北方的一个大敌，而察哈尔部就像赤裸的美女，成了皇太极的囊中之物，作为建虏死敌的薛家军，是绝不能让皇太极顺利的吞下察哈尔部，于是余婉琴、薛六、阳震雷一致决定要最大努力的争夺蒙古撤部落。
六月初纪天恩的护送商队到达大同城，建虏皇太极的十几万大军虎视眈眈的盯着娜木钟后账，余婉琴果断截留了这纪天恩两千火枪兵，而绛州薛九率领三千薛家军来援，陕西米脂由高一功、王平统兵四千也赶到了大同城。
六月初六日，余婉琴、薛六尽起大同镇精兵两万六千多，出丰镇与哈日珠拉、娜木钟的人马会合，在途中遇到前来支援的数千飞鹰旗，六月初九日，余婉琴、哈日珠拉、娜木钟三大主力会合，总兵力达到八万多人。