原来固原逃兵年初摆脱榆林军的追击，劫掠泾阳、富平等县，活捉游击李英。二月，陕西备兵商洛道刘应遇率领招募的毛兵入汉中，会合川兵败了固原逃兵一阵，不过助战的略阳守备黄元马蹶被杀，固原逃兵匿于汉阴山中，三月复出掠真宁、宁州、安化、三水等地，裹挟流贼盗匪万人，于四月围攻耀州城，新任陕西督粮参政洪承畴合官兵乡勇万余人，败固原逃兵于耀州城下，不过这已经不能挽救三边总督武之望的性命。
三边总督武之望之死，还因为白水王二、府谷王嘉胤、汉南王大梁、安寨高正祥、宜川王左挂、飞山虎、大红狼、洛川王虎、黑煞神、延川王和尚，甘肃庆阳韩朝宰、武都周大旺等大股流寇遍布陕西，而陕西百姓到了民争采山间蓬草为食。蓬草尽，则剥树皮而食；树皮尽，则掘山中石块而食，石性冷而味腥，少食辄饱，不数日则腹胀下坠而死的程度，烧人骨为薪，煮人肉以为食者，而食人之人成为常态，整个陕西除了西岸、延安等府控制在朝廷手里，饥民相聚为“盗”，与其坐等饥死，不如为“盗”而死，几乎是人人皆贼，这样的情况下三边总督武之望安得不死。
不过三边总督武之望的运气不好，他死了之后才传到高桂英在葭州打败府谷王嘉胤的战绩，四月有陕西督粮参政洪承畴败固原逃兵，后有陕西商洛兵备道参政刘应遇设伏杀害王二，余部种光道、杨护法败走陕南，刘应遇再败汉南王大梁，大梁王兵败被俘，被陕西商洛兵备道参政刘应遇诛杀。
虽然剿贼取得了一些成绩，随着三边总督武之望之死，陕西巡抚胡廷宴、延绥巡抚岳和声、榆林镇总兵王虎等陕西文武官员都成了戴罪之身，陕西巡抚胡廷宴也没有再催着高桂英出兵剿贼。
四月陕西文武官员得到消息，崇祯皇帝诏令杨鹤以左副都御史、兵部右侍郎，总督陕西三边军务，高桂英对薛云的判断敬若神明，果然就是那个杨鹤，不过夫君薛云说杨鹤一个儒家思想的主抚官员，崇祯派这样的人来陕西剿贼，简直是南辕北辙，而且杨鹤还拖拖拉拉不愿意就任三边总督，使得陕西官场好几个月没有领头之人。
倒是新任陕西巡抚刘广生到任了，因为巡抚胡廷宴因为葭州大捷，没有跟历史上那样被免职，而延绥巡抚岳和声却病倒了，由双巡抚之一的延绥巡抚张梦鲸主政，榆林镇总兵王虎剿贼无功革职听参，朝廷启用前总兵杜文焕督延绥、固原兵马相机剿贼。
杜文焕一上任就檄谕王嘉胤投诚，王嘉胤不肯受抚，五月初杜文焕调集延绥、固原兵马一万五千多人先陷神木县，斩获俘虏义军近万人，王嘉胤部将王子顺、苗美等请降，不过王嘉胤据守府谷抵抗延绥镇官兵的围攻拒不投降。
随着陕西三边总督杨鹤到来，陕西商洛兵备道参政刘应遇、陕西督粮参政洪承畴、延绥、固原总兵官杜文焕等能臣尽力剿贼，陕西的流寇形势大有好转，不过抚臣杨鹤采取了慢工出细活的主抚，这让王嘉胤和整个陕西的流寇缓了一口气。
连续三次催逼高家军出兵府谷的杜文焕，再也没有理会高家军是否参加府谷会战，开始迫于左副都御史、兵部右侍郎，总督陕西三边军务杨鹤的威名，陕西神一魁、上天龙等数万人就抚，可是如此巨大的流寇遣返回家乡，很多人又走上了抢劫造反的道路，杨鹤的抚局陷入了困局。
接下来几个月陕西文武官员主剿主抚争论不已，到最后双方就各行其是，以杨鹤、胡廷宴、刘广生等官员主抚，而岳和声、杜文焕、洪承畴等文武主剿，陕西文武官员的内耗给了义军喘息之机，到了十一月陕西义军出现了转机。
崇祯二年十一月，建虏皇太极兵分三路，皇太极督军攻入龙井关，以蒙古喀尔沁台吉布尔噶图为向导，攻克洪山口，参将张安德败逃、张万春投降，偏师攻克大安口，参将周镇阵亡，建虏大军会于会于遵化城下。
本月初四日，蓟镇总兵赵率教入援，前进到遵化城东边三屯营，望见建虏士兵如蜂蚁，把三屯营朱国彦部团团围住，赵率教不顾利害凭着一腔忠愤，杀入建虏阵中，赵率教左冲右突东斫西砍，斩杀建虏旗兵多名，怎奈满兵越来越众，率教只领着孤军越战越少，谁知营中守将朱国彦，只怕满兵混入竟紧闭营门，拒绝赵率教部入三屯营；这时赵率教已是力竭声嘶进退无路，不禁向西遥呼道：“臣力竭了！”举剑向颈上一横，当即殉国全军尽覆。
建虏兵乘胜进攻三屯营，朱国彦知不可守，与妻张氏投缳自尽，这朱国彦不纳赵率教自取死路，不知道他当时是怎么想的，即日遵化为建虏所破，全城军民力战覆没，巡抚王元雅、保定推官李献明、永平推官何天球、遵化知县徐泽、前任知县武起潜等城破皆死。
朝廷闻遵化失守，才惊慌了起来，吏部侍郎成基命，奏请召用前辽东经略孙承宗督师御敌，崇祯皇帝立招孙承宗为兵部尚书、兼中极殿大学士督师通州，并命基命为礼部尚书，兼东阁大学士，参预机务。
孙承宗奉召入觐崇祯皇帝具陈方略，随后率二十七骑直入通州城，与保定巡抚解经传，总兵杨国栋等协力抵御皇太极；崇祯皇帝发出勤王诏，调天下兵马入京勤王，先期到达的宣府勤王军见了建虏俱畏缩不前，曹文诏不忿与建虏前锋接战，不久宣府军大部溃散，曹文诏、曹变蛟率本部逃逸。
得势不饶人的皇太极连破蓟州、三河、顺义，建虏军直驱北京城下，京城文武百官满城大震，这时袁崇焕才奉檄出山海关，总兵满桂率五千骑卒疾驰至德胜门下营，与建虏大战了半日，双方不分胜负，城上守将发炮助威，建虏闻炮退去，满桂手下的兵士，反被炮弹轰死数百名，满桂亦负炮伤收军。