郑芝龙的船只大多是从事远洋贸易的大型“洋船”，“洋船”指的是从事远洋贸易的帆船，这种船只制造精良，体形硕大。他的战船多是乌尾船和鸟船。其中乌尾船体型最大，可承载三四百人，是一种大型的桨帆船，属于广船的一种。长10丈，阔3丈有余，板厚7寸。造船材料用铁栗等木，皆广中所产，价值繁重。

郑芝龙的一艘战船，造价是福建水师的三四倍，碰撞之下根本不是他的对手。

拥有这样一支强劲的水师，郑芝龙自信能够在和施琅海战中大获全胜，从崇祯年间开始，他就在福建沿海为所欲为。

澎湖就是他的据点，在这里可以突袭到厦门，而福建内陆上的郑家势力，正在往东番岛撤离。

景祐二年九月中旬，福建的天气还是有些炎热，施琅没有等到两支水师来援，率先启程前往澎湖。

厦门誓师的福建水师，在主舰上的施琅雄心壮志，望着自己的提督的福建水师，想到侯玄演的信任，心中涌出一阵豪情。

“催促战船，加速前进，今夜天黑之前，拿下澎湖。”施琅扬声说道。

旁边的水师将领脸色带忧，澎湖那这么容易拿下，势必是一场恶战。

出海之后，行到清水洋，福建水师突然遭遇台风，风云翻滚，恶浪滔天。任凭施琅航海经验丰富，依此时的战船水平，根本无法抵御那样的狂风巨浪。

施琅一捶桅杆，只好下令返航，令旗挥动福建水师第一次伐郑之行就这样无疾而终。

回到福州之后，朝中的侯玄演和兵部尚书姜建勋商议一番，一致认为是否绕过澎湖直取东番岛才是好主意。

命令传到福州，施琅奋笔疾书，写下洋洋洒洒万字奏章。陈述东番本岛地域狭窄，缺乏战略纵深，澎湖是其外围防御的唯一屏障。澎湖一旦攻陷，东番岛不攻自破。

侯玄演深夜召集几个曾在福建为官的大员，一番讨论之后，大家各执一词。

最终侯玄演拍板决定，将在外君命有所不受，施琅竟然执意先取澎湖，自己就不微操了。二战时苏德战场的例子告诉侯玄演，哪边的最高统帅插足战争的指挥，自己这一方势必要蒙受巨大的损失。后来的蒋中正，又一次证明了这一点。